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1aqz

CRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RESTRICTOCIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RESTRICTOCIN

物种未注明

UniProt P67876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–176 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：vapor diffusion and microdialysis；pH 6.8；A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN CONCENTRATION IS 10MG/ML., vapor diffusion and microdialysis 分辨率 1.70 Å R-free 0.177
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 28–176 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：vapor diffusion and microdialysis；pH 6.8；A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN CONCENTRATION IS 10MG/ML., vapor diffusion and microdialysis 分辨率 1.70 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AQZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JBR Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor 提交 2001-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 28–176（149 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K-MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.15 Å R-free 0.290
1JBR Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor 提交 2001-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 28–176（149 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K-MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.15 Å R-free 0.290
1JBT CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOTOXIN RESTRICTOCIN COMPLEXED WITH A 29-MER SARCIN/RICIN DOMAIN RNA ANALOG 提交 2001-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 28–176（149 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K.MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.282
1JBT CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOTOXIN RESTRICTOCIN COMPLEXED WITH A 29-MER SARCIN/RICIN DOMAIN RNA ANALOG 提交 2001-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 28–176（149 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K.MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.282

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNMG_ASPRE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 28–176 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 28–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1aqz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1aqz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1aqz
沉积日期 deposition_date1997-08-04
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RESTRICTOCIN
关键词 keywordsRIBOTOXIN, RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN, PROTEIN-RNA SPECIFIC INTERACTION, LAUE DIFFRACTION, CELL-ENTRY ACTIVITY; RIBOTOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.04 Å
零角强度 I(0) i020265100.00
分子量 molecular_weight32461.0 kDa
排除体积 excluded_volume39812 ų
包络体积 envelope_volume48999 ų
水化壳体积 shell_volume18692 ų
包络直径 envelope_diameter85.1 Å
壳层 Rg shell_rg28.37 Å
包络 Rg envelope_rg23.07 Å
形状 Rg shape_rg23.01 Å
总 Rg total_rg23.77 Å
总原子数 total_atoms2287
残基数 n_residues285
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20260000.0000
解质量估计 total_estimate0.8460
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1 Å
偏度 Skewness skewness0.409
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2970000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.766; Smooth: 0.960
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1aqza_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.3 — Ribotoxin
结构域编号 domain_idd1aqzb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.3 — Ribotoxin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1aqzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id1aqzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
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8. 引用文献 (6)

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9. 文件与曲线 (10)