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1ar1

Structure at 2.7 Angstrom Resolution of the Paracoccus Denitrificans two-subunit Cytochrome C Oxidase Complexed with an Antibody Fv Fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C OXIDASE

Paracoccus denitrificans

UniProt P98002

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–558 未记录 CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P08306） ANTIBODY FV FRAGMENT × 1 ANTIBODY FV FRAGMENT × 1 CU COPPER (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEA HEME-A × 2 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；pH 5.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AR1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1QLE CRYO-STRUCTURE OF THE PARACOCCUS DENITRIFICANS FOUR-SUBUNIT CYTOCHROME C OXIDASE IN THE COMPLETELY OXIDIZED STATE COMPLEXED WITH AN ANTIBODY FV FRAGMENT 提交 1999-08-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 17–554（538 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00
分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3EHB A D-Pathway Mutation Decouples the Paracoccus Denitrificans Cytochrome c Oxidase by Altering the side chain orientation of a distant, conserved Glutamate 提交 2008-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–558（558 aa） 片段：UNP residues 17-545
突变：N131D HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 12 PER PEROXIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；MPEG 2000 is contained in the crystallization buffer pH 5.5, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.32 Å R-free 0.242
3HB3 High resolution crystal structure of Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase 提交 2009-05-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–558（558 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU1 COPPER (I) ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 10 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 14 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；25% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.280
7ATE Cytochrome c oxidase structure in P-state 提交 2020-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–558（558 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second before plunging
分辨率 2.40 Å
7ATN Cytochrome c oxidase structure in R-state 提交 2020-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–558（558 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 seconds before plunging
分辨率 2.66 Å
7AU3 Cytochrome c oxidase structure in F-state 提交 2020-11-02 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–558（558 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 2FK SUPEROXO ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 seconds before plunging
分辨率 2.56 Å
7AU6 Cytochrome c oxidase structure in O-state 提交 2020-11-02 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–558（558 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 6 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 seconds before plunging
分辨率 2.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CX1B_PARDE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–558； UniProt 1–558

CYTOCHROME C OXIDASE

Paracoccus denitrificans

UniProt P08306

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–298 未记录 CYTOCHROME C OXIDASE × 1 （P98002） ANTIBODY FV FRAGMENT × 1 ANTIBODY FV FRAGMENT × 1 CU COPPER (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 HEA HEME-A × 2 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；pH 5.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AR1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1QLE CRYO-STRUCTURE OF THE PARACOCCUS DENITRIFICANS FOUR-SUBUNIT CYTOCHROME C OXIDASE IN THE COMPLETELY OXIDIZED STATE COMPLEXED WITH AN ANTIBODY FV FRAGMENT 提交 1999-08-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 30–281（252 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00
分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3EHB A D-Pathway Mutation Decouples the Paracoccus Denitrificans Cytochrome c Oxidase by Altering the side chain orientation of a distant, conserved Glutamate 提交 2008-09-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–298（298 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 9 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 12 PER PEROXIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；MPEG 2000 is contained in the crystallization buffer pH 5.5, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.32 Å R-free 0.242
3HB3 High resolution crystal structure of Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase 提交 2009-05-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–298（298 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU1 COPPER (I) ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 10 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 14 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；25% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.280
7ATE Cytochrome c oxidase structure in P-state 提交 2020-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–298（298 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second before plunging
分辨率 2.40 Å
7ATN Cytochrome c oxidase structure in R-state 提交 2020-10-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–298（298 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 seconds before plunging
分辨率 2.66 Å
7AU3 Cytochrome c oxidase structure in F-state 提交 2020-11-02 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–298（298 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 O OXYGEN ATOM × 1 2FK SUPEROXO ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 seconds before plunging
分辨率 2.56 Å
7AU6 Cytochrome c oxidase structure in O-state 提交 2020-11-02 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–298（298 aa）
未记录 HEA HEME-A × 2 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 6 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 seconds before plunging
分辨率 2.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COX2_PARDE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ar1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ar1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ar1
沉积日期 deposition_date1997-08-08
结构标题 titleStructure at 2.7 Angstrom Resolution of the Paracoccus Denitrificans two-subunit Cytochrome C Oxidase Complexed with an Antibody Fv Fragment
关键词 keywords;COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-ANTIBODY), ELECTRON TRANSPORT, TRANSMEMBRANE, CYTOCHROME OXIDASE, ANTIBODY COMPLEX, COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-ANTIBODY) complex ;; COMPLEX (OXIDOREDUCTASE/ANTIBODY)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.13 Å
零角强度 I(0) i0174128000.00
分子量 molecular_weight116060.0 kDa
排除体积 excluded_volume148940 ų
包络体积 envelope_volume170100 ų
水化壳体积 shell_volume43595 ų
包络直径 envelope_diameter123.7 Å
壳层 Rg shell_rg39.21 Å
包络 Rg envelope_rg33.61 Å
形状 Rg shape_rg33.12 Å
总 Rg total_rg33.64 Å
总原子数 total_atoms8191
残基数 n_residues1007
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.0 Å
Rg (实空间) rg_real34.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal174100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8568
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.3 Å
偏度 Skewness skewness0.490
峰度 Kurtosis kurtosis-0.314
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40550000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.855; Smooth: 0.890
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1ar1a_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamilyf.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family familyf.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
结构域编号 domain_idd1ar1b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II
结构域编号 domain_idd1ar1b2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family familyf.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
结构域编号 domain_idd1ar1c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1ar1d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1ar1A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain
结构域编号 domain_id1ar1B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1ar1B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
结构域编号 domain_id1ar1C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ar1D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)