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1ar4

X-RAY STRUCTURE ANALYSIS OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUPEROXIDE DISMUTASE

物种未注明

UniProt P80293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–201 链 B； UniProt 1–201 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：microseeding；pH 6.1；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 50MG/ML FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 6.15, 4 DEG C, NUCLEATION INDUCED BY MICROSEEDING FROM CRYSTALS GROWN FROM 14MG/ML PROTEIN, 2.4 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 7.4, 4 DEG C., microseeding, temperature 277K 分辨率 1.90 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AR4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AR5 X-RAY STRUCTURE OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN 提交 1997-08-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–201（201 aa）
链 B 1–201（201 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microseeding；pH 6.15；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 6.15 AT 4 DEG C. NUCLEATION WAS INDUCED BY ADDING A MICROSEED FROM CRYSTALS GROWN FROM 2.4 M (NH4)2SO4, 50MM KPI, PH 7.4 AT 4 DEG C., microseeding, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.184
1AVM THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE (FE-SOD) OF P. SHERMANII COORDINATED BY AZIDE 提交 1997-09-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–201（201 aa）
链 B 1–201（201 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 AZI AZIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop - microseeding；pH 6.15；277 K；FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 55 MG/ML PROTEIN, 4 DEG C, PH 6.15, HANGING DROP, MICROSEED FROM NATIVE FE-SOD OF P.SHERM., SOAKED FOR 24 H IN 150 MM SODIUM AZIDE, vapor diffusion - hanging drop - microseeding, temperature 277K
分辨率 1.55 Å R-free 0.198
1BS3 P.SHERMANII SOD(FE+3) FLUORIDE 提交 1998-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–201（201 aa）
链 B 1–201（201 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 F FLUORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1；pH 6.1
分辨率 1.55 Å R-free 0.206
1BSM P.SHERMANII SOD(FE+3) 140K PH8 提交 1998-08-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–201（201 aa）
链 B 1–201（201 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.1；pH 8.1
分辨率 1.35 Å R-free 0.236
1BT8 P.SHERMANII SOD(FE+3) PH 10.0 提交 1998-09-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–201（201 aa）
链 B 1–201（201 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；pH 10.0
分辨率 1.85 Å R-free 0.236

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SODM_PROFR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201 作者链 B； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ar4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ar4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ar4
沉积日期 deposition_date1997-08-09
结构标题 titleX-RAY STRUCTURE ANALYSIS OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN
关键词 keywordsSUPEROXIDE DISMUTASE, OXIDOREDUCTASE, DEGRADES O2-, DISMUTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.87 Å
零角强度 I(0) i034394200.00
分子量 molecular_weight45359.0 kDa
排除体积 excluded_volume56712 ų
包络体积 envelope_volume67187 ų
水化壳体积 shell_volume24618 ų
包络直径 envelope_diameter79.4 Å
壳层 Rg shell_rg29.81 Å
包络 Rg envelope_rg23.18 Å
形状 Rg shape_rg22.85 Å
总 Rg total_rg23.79 Å
总原子数 total_atoms3212
残基数 n_residues402
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34390000.0000
解质量估计 total_estimate0.7290
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.2 Å
偏度 Skewness skewness0.286
峰度 Kurtosis kurtosis-0.368
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha7049000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ar4a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamilya.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family familya.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1ar4a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family familyd.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1ar4b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamilya.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family familya.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1ar4b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family familyd.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1ar4A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain
结构域编号 domain_id1ar4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1ar4B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain
结构域编号 domain_id1ar4B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)