SAXSdb — 1at3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE II PROTEASE

Human herpesvirus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–247 链 B； UniProt 1–247	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；10% PEG4000, PH 5.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.291
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–247 链 B； UniProt 1–247	未记录	DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；10% PEG4000, PH 5.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q69527_HHV2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247 作者链 B； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1at3
沉积日期 deposition_date	1997-08-16
结构标题 title	HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE II PROTEASE
关键词 keywords	SERINE PROTEASE, VIRAL PROTEASE, HSV2 PROTEASE; SERINE PROTEASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.68 Å
零角强度 I(0) i0	37614800.00
分子量 molecular_weight	47049.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58868 Å³
包络体积 envelope_volume	70534 Å³
水化壳体积 shell_volume	24843 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.16 Å
包络 Rg envelope_rg	24.79 Å
形状 Rg shape_rg	24.72 Å
总 Rg total_rg	25.29 Å
总原子数 total_atoms	3313
残基数 n_residues	434
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8673
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.499
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE II PROTEASE
分子量 formula_weight	27056.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3356

MASAEMRERLEAPLPDRAVPIYVAGFLALYDSGDPGELALDPDTVRAALPPENPLPINVDHRARCEVGRVLAVVNDPRGPFFVGLIACVQLERVLETAASAAIFERRGPALSREERLLYLITNYLPSVSLSTKRRGDEVPPDRTLFAHVALCAIGRRLGTIVTYDTSLDAAIAPFRHLDPATREGVRREAAEAELALAGRTWAPGVEALTHTLLSTAVNNMMLRDRWSLVAERRRQAGIAGHTYLQA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 2
通用名 common_name	Herpes simplex virus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10310
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIISOPROPYL PHOSPHONATE
分子量 formula_weight	166.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1at3a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1at3b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1at3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1at3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.720 Å
晶胞边长 b length_b	87.430 Å
晶胞边长 c length_c	77.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2910

fit	/app/data/saxs_computation/at/1at3/1at3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/at/1at3/1at3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/at/1at3/1at3.dat

HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE II PROTEASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE II PROTEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)