1atx

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE NEUROTOXIN ATX IA FROM ANEMONIA SULCATA IN AQUEOUS SOLUTION DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATX IA

Anemonia sulcata

UniProt P01533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–46 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXA1_ANESU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–46; UniProt 1–46

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1atx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1atx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1atx
沉积日期 deposition_date1990-05-14
结构标题 titleTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE NEUROTOXIN ATX IA FROM ANEMONIA SULCATA IN AQUEOUS SOLUTION DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY
关键词 keywordsSEA ANEMONE TOXIN; SEA ANEMONE TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.64
零角强度 I(0) i029691800.00
分子量 molecular_weight38532.0 kDa
排除体积 excluded_volume46268 ų
包络体积 envelope_volume26175 ų
水化壳体积 shell_volume14764 ų
包络直径 envelope_diameter48.7
壳层 Rg shell_rg21.01
包络 Rg envelope_rg14.81
形状 Rg shape_rg12.67
总 Rg total_rg13.35
总原子数 total_atoms5112
残基数 n_residues368
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.5
Rg (实空间) rg_real13.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.9690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29690000.0000
解质量估计 total_estimate0.5996
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.1
偏度 Skewness skewness0.300
峰度 Kurtosis kurtosis-0.205
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6718000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 0.983; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1atxa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.9 — Defensin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.9.1 — Defensin-like
家族 Family familyg.9.1.1 — Defensin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1atxA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology20 — Anthopleurin-A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthopleurin-A

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)