SAXSdb — 1au7

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN PIT-1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 130–273 链 B； UniProt 130–273	突变：E5G, I6M	CONSENSUS DNA 25-MER × 1 ;DNA (5'-D(CPTPTPCPCPTPCPAPTPGPTPAPTPAPTPAPC PAPTPGPAPGP* GP*A)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；A 28 BP DNA DUPLEX (10MG/ML) WAS ADDED TO THE PROTEIN IN A 1:2 MOLAR RATIO. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION USING HANGING DROPS OF 1 UL. OF PROTEIN/DNA SOLUTION MIXED 1 UL. OF RESERVOIR SOLUTION. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED WITH RESERVOIRS CONTAINING 400-600 MM PHOSPHORIC ACID ADJUSTED TO PH 4.0 - 4.3 WITH TRIETHYLAMINE., pH 4.00, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.30 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIT1_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–146； UniProt 130–273 作者链 B； PDB构建体 1–146； UniProt 130–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1au7
沉积日期 deposition_date	1997-09-12
结构标题 title	PIT-1 MUTANT/DNA COMPLEX
关键词 keywords	COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA), PITUITARY, CPHD, POU DOMAIN, TRANSCRIPTION FACTOR, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.60 Å
零角强度 I(0) i0	50926500.00
分子量 molecular_weight	44981.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51867 Å³
包络体积 envelope_volume	69234 Å³
水化壳体积 shell_volume	24784 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.13 Å
包络 Rg envelope_rg	23.76 Å
形状 Rg shape_rg	23.57 Å
总 Rg total_rg	24.31 Å
总原子数 total_atoms	3741
残基数 n_residues	307
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8618
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.405
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.182
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7879000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.876; Smooth: 0.989

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CONSENSUS DNA 25-MER
分子量 formula_weight	7722.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4269

TCCTCATGTATATACATGAGGAAGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPTPCPCPTPCPAPTPGPTPAPTPAPTPAPC PAPTPGPAPGP* GP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	7343.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTTCCTCATGTATATACATGAGGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN PIT-1
分子量 formula_weight	17003.6 kDa
突变 mutation	E5G, I6M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GMRALEQFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEFSQTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANERKRKRRTTISIAAKDALERHFGEHSKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVK

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1au7a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1au7a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.1 — POU-specific domain

结构域编号 domain_id	d1au7b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1au7b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.1 — POU-specific domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1au7A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1au7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1au7B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1au7B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	42.500 Å
晶胞边长 b length_b	50.100 Å
晶胞边长 c length_c	55.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	76.70 °
晶胞夹角 β angle_beta	79.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.3020

fit	/app/data/saxs_computation/au/1au7/1au7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/au/1au7/1au7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/au/1au7/1au7.dat

PIT-1 MUTANT/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN PIT-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)