SAXSdb — 1avm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUPEROXIDE DISMUTASE

Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–201 链 B； UniProt 1–201	未记录	FE FE (III) ION × 4 AZI AZIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：vapor diffusion - hanging drop - microseeding；pH 6.15；277 K；FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 55 MG/ML PROTEIN, 4 DEG C, PH 6.15, HANGING DROP, MICROSEED FROM NATIVE FE-SOD OF P.SHERM., SOAKED FOR 24 H IN 150 MM SODIUM AZIDE, vapor diffusion - hanging drop - microseeding, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AVM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AR4 X-RAY STRUCTURE ANALYSIS OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN 提交 1997-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–201（201 aa）链 B 1–201（201 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microseeding；pH 6.1；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 50MG/ML FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 6.15, 4 DEG C, NUCLEATION INDUCED BY MICROSEEDING FROM CRYSTALS GROWN FROM 14MG/ML PROTEIN, 2.4 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 7.4, 4 DEG C., microseeding, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1AR5 X-RAY STRUCTURE OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN 提交 1997-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–201（201 aa）链 B 1–201（201 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microseeding；pH 6.15；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 6.15 AT 4 DEG C. NUCLEATION WAS INDUCED BY ADDING A MICROSEED FROM CRYSTALS GROWN FROM 2.4 M (NH4)2SO4, 50MM KPI, PH 7.4 AT 4 DEG C., microseeding, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
1BS3 P.SHERMANII SOD(FE+3) FLUORIDE 提交 1998-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–201（201 aa）链 B 1–201（201 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4 F FLUORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；pH 6.1	分辨率 1.55 Å R-free 0.206
1BSM P.SHERMANII SOD(FE+3) 140K PH8 提交 1998-08-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–201（201 aa）链 B 1–201（201 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；pH 8.1	分辨率 1.35 Å R-free 0.236
1BT8 P.SHERMANII SOD(FE+3) PH 10.0 提交 1998-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–201（201 aa）链 B 1–201（201 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10；pH 10.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.236

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SODM_PROFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201 作者链 B； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1avm
沉积日期 deposition_date	1997-09-17
结构标题 title	THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE (FE-SOD) OF P. SHERMANII COORDINATED BY AZIDE
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, SOD, SUPEROXIDE DISMUTASE, PROPIONIBACTERIUM SHERMANII, AZIDE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.87 Å
零角强度 I(0) i0	34601000.00
分子量 molecular_weight	45410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56698 Å³
包络体积 envelope_volume	67174 Å³
水化壳体积 shell_volume	24628 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.84 Å
包络 Rg envelope_rg	23.17 Å
形状 Rg shape_rg	22.85 Å
总 Rg total_rg	23.77 Å
总原子数 total_atoms	3216
残基数 n_residues	402
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6985000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SUPEROXIDE DISMUTASE
分子量 formula_weight	22659.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3640

AVYTLPELPYDYSALEPYISGEIMELHHDKHHKAYVDGANTALDKLAEARDKADFGAINKLEKDLAFNLAGHVNHSVFWKNMAPKGSAPERPTDELGAAIDEFFGSFDNMKAQFTAAATGIQGSGWASLVWDPLGKRINTLQFYDHQNNLPAGSIPLLQLDMWEHAFYLQYKNVKGDYVKSWWNVVNWDDVALRFSEARVA

来源 Source

来源生物 organism	Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1752

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	424

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1avma1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family family	a.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1avma2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family family	d.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1avmb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family family	a.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1avmb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family family	d.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1avmA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain

结构域编号 domain_id	1avmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1avmB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain

结构域编号 domain_id	1avmB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.680 Å
晶胞边长 b length_b	85.420 Å
晶胞边长 c length_c	108.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.1980

fit	/app/data/saxs_computation/av/1avm/1avm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/av/1avm/1avm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/av/1avm/1avm.dat

THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE (FE-SOD) OF P. SHERMANII COORDINATED BY AZIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUPEROXIDE DISMUTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction