SAXSdb — 1avq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LAMBDA EXONUCLEASE

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–226 链 B； UniProt 1–226 链 C； UniProt 1–226	突变：20 AMINO ACID N-TERMINAL HIS-TAG	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.7；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.2 M NH2SO4, 0.2 M NACL 0.1 M NAACETATE PH 4.7, AT 4 DEGREES CELSIUS., temperature 277K	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AVQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3SLP Crystal Structure of Lambda Exonuclease in Complex with a 12 BP Symmetric DNA Duplex 提交 2011-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；295 K；22% PEG3350, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 5 mM calcium chloride, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3SM4 Crystal Structure of the K131A Mutant of Lambda Exonuclease in Complex with a 5'-Phosphorylated 14-mer/12-mer Duplex and Magnesium 提交 2011-06-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	突变：K131A 突变：K131A 突变：K131A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；19% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 5 mM magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.88 Å R-free 0.186
4WUZ Crystal structure of lambda exonuclease in complex with DNA and Ca2+ 提交 2014-11-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；295 K；23.4% PEG 3350, 0.3M sodium acetate, 0.1 M Tris	分辨率 2.38 Å R-free 0.319
6M9K Crystal structure of lambda exonuclease in complex with the Red beta C-terminal domain 提交 2018-08-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；PEG3350, LISO4, BIS-TRIS	分辨率 2.30 Å R-free 0.254

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXO_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–228； UniProt 1–226 作者链 B； PDB构建体 3–228； UniProt 1–226 作者链 C； PDB构建体 3–228； UniProt 1–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1avq
沉积日期 deposition_date	1997-09-18
结构标题 title	TOROIDAL STRUCTURE OF LAMBDA EXONUCLEASE DETERMINED AT 2.4 ANGSTROMS
关键词 keywords	;DEOXYRIBONUCLEASE, DNA RECOMBINATION AND REPAIR, 5'-3' EXONUCLEASE ;; DEOXYRIBONUCLEASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.80 Å
零角强度 I(0) i0	102565000.00
分子量 molecular_weight	78532.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97774 Å³
包络体积 envelope_volume	130200 Å³
水化壳体积 shell_volume	36352 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.36 Å
包络 Rg envelope_rg	28.52 Å
形状 Rg shape_rg	29.79 Å
总 Rg total_rg	30.59 Å
总原子数 total_atoms	5517
残基数 n_residues	681
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9137
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.004
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.792
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LAMBDA EXONUCLEASE
分子量 formula_weight	26165.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.11.3
突变 mutation	20 AMINO ACID N-TERMINAL HIS-TAG
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5933

SHMTPDIILQRTGIDVRAVEQGDDAWHKLRLGVITASEVHNVIAKPRSGKKWPDMKMSYFHTLLAEVCTGVAPEVNAKALAWGKQYENDARTLFEFTSGVNVTESPIIYRDESMRTACSPDGLCSDGNGLELKCPFTSRDFMKFRLGGFEAIKSAYMAQVQYSMWVTRKNAWYFANYDPRMKREGLHYVVIERDEKYMASFDEIVPEFIEKMDEALAEIGFVFGEQWR

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	416

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1avqa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.13 — lambda exonuclease

结构域编号 domain_id	d1avqb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.13 — lambda exonuclease

结构域编号 domain_id	d1avqc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.13 — lambda exonuclease

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1avqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1avqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1avqC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.700 Å
晶胞边长 b length_b	156.700 Å
晶胞边长 c length_c	131.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/av/1avq/1avq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/av/1avq/1avq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/av/1avq/1avq.dat

TOROIDAL STRUCTURE OF LAMBDA EXONUCLEASE DETERMINED AT 2.4 ANGSTROMS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LAMBDA EXONUCLEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction