SAXSdb — 1ay8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–394 链 B； UniProt 1–394	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 HCI HYDROCINNAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18.0% PEG 4000, 0.2 M SODIUM MALEATE, PH 5.6; THEN SOAKED IN 20.0% PEG 4000, 0.2 M SODIUM CITRATE, 0.1 M 3-PHENYLPROPIONATE, PH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AY8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AY4 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITHOUT SUBSTRATE 提交 1997-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 16.5% PEG 4000, 0.4 M SODIUM ACETATE, PH 5.7	分辨率 2.33 Å R-free 0.237
1AY5 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE COMPLEX WITH MALEATE 提交 1997-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MAE MALEIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18.0% PEG 4000, 0.2 M SODIUM MALEATE, PH 5.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2AY1 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 4-AMINOHYDROCINNAMIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 AHC 4-AMINOHYDROCINNAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.7	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
2AY2 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH CYCLOHEXANE PROPIONIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CXP CYCLOHEXANE PROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
2AY3 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 3-(3,4-DIMETHOXYPHENYL)PROPIONIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MPP 3-(3,4-DIMETHOXYPHENYL)PROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.221
2AY4 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 3-(P-TOLYL)PROPIONIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 PPT 3-(P-TOLYL)PROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
2AY5 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 3-INDOLEPROPIONIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.218
2AY6 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 3-INDOLEBUTYRIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 3IB 3-INDOLEBUTYRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.20 Å R-free 0.258
2AY7 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 4-PHENYLBUTYRIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CLT 4-PHENYL-BUTANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.219
2AY8 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 4-(2-THIENYL)BUTYRIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 4TB 4-(2-THIENYL)BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.7	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
2AY9 AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE WITH 5-PHENYLVALERIC ACID 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 5PV 5-PHENYLVALERIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.253

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYRB_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 B； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ay8
沉积日期 deposition_date	1997-11-14
结构标题 title	AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE COMPLEX WITH 3-PHENYLPROPIONATE
关键词 keywords	TRANSFERASE, AMINOTRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.05 Å
零角强度 I(0) i0	118337000.00
分子量 molecular_weight	85336.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106600 Å³
包络体积 envelope_volume	126810 Å³
水化壳体积 shell_volume	37421 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.63 Å
包络 Rg envelope_rg	28.30 Å
形状 Rg shape_rg	28.08 Å
总 Rg total_rg	28.65 Å
总原子数 total_atoms	5982
残基数 n_residues	782
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8684
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.127
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.976

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
分子量 formula_weight	42780.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.1.57
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6310

MLGNLKPQAPDKILALMGEFRADPRQGKIDLGVGVYKDATGHTPIMRAVHAAEQRMLETETTKTYAGLSGEPEFQKAMGELILGDGLKSETTATLATVGGTGALRQALELARMANPDLRVFVSDPTWPNHVSIMNFMGLPVQTYRYFDAETRGVDFEGMKADLAAAKKGDMVLLHGCCHNPTGANLTLDQWAEIASILEKTGALPLIDLAYQGFGDGLEEDAAGTRLIASRIPEVLIAASCSKNFGIYRERTGCLLALCADAATRELAQGAMAFLNRQTYSFPPFHGAKIVSTVLTTPELRADWMAELEAVRSGMLRLREQLAGELRDLSGSDRFGFVAEHRGMFSRLGATPEQVKRIKEEFGIYMVGDSRINIAGLNDNTIPILARAIIEVGV

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HYDROCINNAMIC ACID
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	328

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ay8a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.1 — AAT-like

结构域编号 domain_id	d1ay8b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.1 — AAT-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ay8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1ay8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	1ay8B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1ay8B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	124.230 Å
晶胞边长 b length_b	121.810 Å
晶胞边长 c length_c	55.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/ay/1ay8/1ay8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ay/1ay8/1ay8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ay/1ay8/1ay8.dat

AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE COMPLEX WITH 3-PHENYLPROPIONATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AROMATIC AMINO ACID AMINOTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction