SAXSdb — 1ayz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME RAD6

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–172	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.246
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–172	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.246
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–172	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；pH 5.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AYZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4R62 Structure of Rad6~Ub 提交 2014-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–172（172 aa）片段：Rad6	突变：C88K	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；24% PEG 300, 50 mM sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.28 Å R-free 0.265
7MEX Structure of yeast Ubr1 in complex with Ubc2 and N-degron 提交 2021-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 3–152（150 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
7MEY Structure of yeast Ubr1 in complex with Ubc2 and monoubiquitinated N-degron 提交 2021-04-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–172（172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 Z3V 2-(ethylamino)ethane-1-thiol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
7UV8 Rad6-Bre1 Complex 提交 2022-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–150（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；286.15 K；0.05 to 0.1 M MMT buffer and 15-25% PEG400	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
7UVC Rad6(P43L)-Bre1 Complex 提交 2022-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–150（150 aa）	突变：P43L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；286 K；0.05 to 0.1 M MMT buffer and 15-25% PEG400	分辨率 3.05 Å R-free 0.279
8IEG Bre1(mRBD-RING)/Rad6-Ub/nucleosome complex 提交 2023-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 R 3–150（148 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 1–172 作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 1–172 作者链 C； PDB构建体 1–169； UniProt 1–172

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ayz
沉积日期 deposition_date	1997-11-12
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE SACCHAROMYCES CEREVISIAE UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME RAD6 (UBC2) AT 2.6A RESOLUTION
关键词 keywords	UBIQUITIN CONJUGATION, UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME; UBIQUITIN CONJUGATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.34 Å
零角强度 I(0) i0	41867500.00
分子量 molecular_weight	52478.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65434 Å³
包络体积 envelope_volume	108420 Å³
水化壳体积 shell_volume	20979 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.31 Å
包络 Rg envelope_rg	39.60 Å
形状 Rg shape_rg	43.35 Å
总 Rg total_rg	43.68 Å
总原子数 total_atoms	3696
残基数 n_residues	459
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6131
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.169
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1245000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.043; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.666; Smooth: 0.170

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1ayza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d1ayzb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d1ayzc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1ayzA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	1ayzB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	1ayzC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.750 Å
晶胞边长 b length_b	146.360 Å
晶胞边长 c length_c	109.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2460

描述 description	UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME RAD6
分子量 formula_weight	19364.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3799

CRYSTAL STRUCTURE OF THE SACCHAROMYCES CEREVISIAE UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME RAD6 (UBC2) AT 2.6A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME RAD6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

fit	/app/data/saxs_computation/ay/1ayz/1ayz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ay/1ayz/1ayz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ay/1ayz/1ayz.dat