SAXSdb — 1b00

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–127	片段：RECEIVER DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；pH 8.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.280
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–127	片段：RECEIVER DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；pH 8.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B00	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GXP PhoB effector domain in complex with pho box DNA. 提交 2002-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229 链 B 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1GXP PhoB effector domain in complex with pho box DNA. 提交 2002-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229 链 F 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1QQI SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN OF PHOB FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-06-07	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–229（104 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）NACL 500mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1-2MM PROTEIN U-15N,13C; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL NMR样品组成 1-2MM PROTEIN U-15N; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL NMR样品组成 1-2MM PROTEIN ; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL	分辨率未提供
1ZES BeF3- activated PhoB receiver domain 提交 2005-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）片段：N-terminal domain (residues 1-125)	突变：P125Q	MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；sodium thiocyanate, Peg3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
1ZES BeF3- activated PhoB receiver domain 提交 2005-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）片段：N-terminal domain (residues 1-125) 链 C 1–125（125 aa）片段：N-terminal domain (residues 1-125)	突变：P125Q 突变：P125Q	MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；sodium thiocyanate, Peg3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.240

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHOB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b00
沉积日期 deposition_date	1998-11-15
结构标题 title	PHOB RECEIVER DOMAIN FROM ESCHERICHIA COLI
关键词 keywords	TRANSCRIPTION FACTOR, PHOSPHATE REGULATION, ACTIVATION OF THE PHO REGULON, ALPHA/BETA DOUBLY WOUND FOLD, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.59 Å
零角强度 I(0) i0	13773000.00
分子量 molecular_weight	27916.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35016 Å³
包络体积 envelope_volume	41599 Å³
水化壳体积 shell_volume	17680 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.17 Å
包络 Rg envelope_rg	20.95 Å
形状 Rg shape_rg	20.60 Å
总 Rg total_rg	21.39 Å
总原子数 total_atoms	1960
残基数 n_residues	244
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8366
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.489
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.243
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5337000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.858; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b00a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d1b00b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1b00A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1b00B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	34.110 Å
晶胞边长 b length_b	60.420 Å
晶胞边长 c length_c	119.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2800

描述 description	PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
分子量 formula_weight	14515.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2091

PHOB RECEIVER DOMAIN FROM ESCHERICHIA COLI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	131

fit	/app/data/saxs_computation/b0/1b00/1b00.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b0/1b00/1b00.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b0/1b00/1b00.dat