1b03

SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTIBODY-BOUND HIV-1IIIB V3 PEPTIDE

Method: SOLUTION NMR D_max: 29.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (P1053 PEPTIDE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 108–125	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.1；305 K	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q79428_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–18； UniProt 108–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b03
沉积日期 deposition_date	1998-11-17
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTIBODY-BOUND HIV-1IIIB V3 PEPTIDE
关键词 keywords	P1053 STRUCTURE, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	8.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	8.30 Å
零角强度 I(0) i0	69146800.00
分子量 molecular_weight	70015.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88598 Å³
包络体积 envelope_volume	5951 Å³
水化壳体积 shell_volume	5705 Å³
包络直径 envelope_diameter	31.9 Å
壳层 Rg shell_rg	14.28 Å
包络 Rg envelope_rg	10.07 Å
形状 Rg shape_rg	8.26 Å
总 Rg total_rg	8.63 Å
总原子数 total_atoms	10430
残基数 n_residues	630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	29.5 Å
Rg (实空间) rg_real	8.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	8.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6198
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	7.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.663
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1811.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.317; Smooth: 0.696

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1b03a_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.53 — HIV-1 envelope gp120 protein fragments
超家族 Superfamily superfamily	j.53.1 — HIV-1 envelope gp120 protein fragments
家族 Family family	j.53.1.1 — HIV-1 envelope gp120 protein fragments

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN (P1053 PEPTIDE)
分子量 formula_weight	2017.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10430

fit	/app/data/saxs_computation/b0/1b03/1b03.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b0/1b03/1b03.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b0/1b03/1b03.dat

SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTIBODY-BOUND HIV-1IIIB V3 PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (P1053 PEPTIDE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)