1b0f

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NEUTROPHIL ELASTASE WITH MDL 101, 146

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ELASTASE)

物种未注明

UniProt P08246

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–247 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SEI 1-{3-METHYL-2-[4-(MORPHOLINE-4-CARBONYL)-BENZOYLAMINO]-BUTYRYL}-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID (3,3,4,4,4-PENTAFLUORO-1-ISOPROPYL-2-OXO-BUTYL)-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;pH 5.00 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELNE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b0f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b0f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b0f
沉积日期 deposition_date1998-11-09
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NEUTROPHIL ELASTASE WITH MDL 101, 146
关键词 keywordsSERINE PROTEASE, FLUOROETHYL KETONES, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.28
零角强度 I(0) i011543300.00
分子量 molecular_weight24964.0 kDa
排除体积 excluded_volume31143 ų
包络体积 envelope_volume34658 ų
水化壳体积 shell_volume17363 ų
包络直径 envelope_diameter54.1
壳层 Rg shell_rg22.88
包络 Rg envelope_rg16.60
形状 Rg shape_rg16.28
总 Rg total_rg17.34
总原子数 total_atoms1750
残基数 n_residues218
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.9
Rg (实空间) rg_real17.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real1.1540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11540000.0000
解质量估计 total_estimate0.8229
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.3
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3758000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1b0fa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1b0fA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1b0fA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)