SAXSdb — 1b0k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ACONITASE)

Sus scrofa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–781	突变：S642A	FLC CITRATE ANION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B0K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B0J CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH ISOCITRATE 提交 1998-11-10	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	突变：S642A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ICT ISOCITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å
1B0M ACONITASE R644Q:FLUOROCITRATE COMPLEX 提交 1998-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	突变：R644Q	FLC CITRATE ANION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å
5ACN STRUCTURE OF ACTIVATED ACONITASE. FORMATION OF THE (4FE-4S) CLUSTER IN THE CRYSTAL 提交 1990-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 F3S FE3-S4 CLUSTER × 1 TRC TRICARBALLYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
6ACN STRUCTURE OF ACTIVATED ACONITASE. FORMATION OF THE (4FE-4S) CLUSTER IN THE CRYSTAL 提交 1990-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TRC TRICARBALLYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
7ACN CRYSTAL STRUCTURES OF ACONITASE WITH ISOCITRATE AND NITROISOCITRATE BOUND 提交 1991-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ICT ISOCITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACON_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–753； UniProt 29–781

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b0k
沉积日期 deposition_date	1998-11-11
结构标题 title	S642A:FLUOROCITRATE COMPLEX OF ACONITASE
关键词 keywords	TRICARBOXYLIC ACID CYCLE, IRON-SULFUR, MITOCHONDRION, TRANSIT PEPTIDE, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ACONITASE)
分子量 formula_weight	82661.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.3
突变 mutation	S642A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6139

RAKVAMSHFEPHEYIRYDLLEKNIDIVRKRLNRPLTLSEKIVYGHLDDPANQEIERGKTYLRLRPDRVAMQDATAQMAMLQFISSGLPKVAVPSTIHCDHLIEAQLGGEKDLRRAKDINQEVYNFLATAGAKYGVGFWRPGSGIIHQIILENYAYPGVLLIGTDSHTPNGGGLGGICIGVGGADAVDVMAGIPWELKCPKVIGVKLTGSLSGWTSPKDVILKVAGILTVKGGTGAIVEYHGPGVDSISCTGMATICNMGAEIGATTSVFPYNHRMKKYLSKTGRADIANLADEFKDHLVPDPGCHYDQVIEINLSELKPHINGPFTPDLAHPVAEVGSVAEKEGWPLDIRVGLIGSCTNSSYEDMGRSAAVAKQALAHGLKCKSQFTITPGSEQIRATIERDGYAQVLRDVGGIVLANACGPCIGQWDRKDIKKGEKNTIVTSYNRNFTGRNDANPETHAFVTSPEIVTALAIAGTLKFNPETDFLTGKDGKKFKLEAPDADELPRAEFDPGQDTYQHPPKDSSGQRVDVSPTSQRLQLLEPFDKWDGKDLEDLQILIKVKGKCTTDHISAAGPWLKFRGHLDNISNNLLIGAINIENRKANSVRNAVTQEFGPVPDTARYYKQHGIRWVVIGDENYGEGASREHSALEPRHLGGRAIITKSFARIHETNLKKQGLLPLTFADPADYNKIHPVDKLTIQGLKDFAPGKPLKCIIKHPNGTQETILLNHTFNETQIEWFRAGSALNRMKELQQK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	303

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b0ka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.2 — LeuD/IlvD-like
家族 Family family	c.8.2.1 — LeuD-like

结构域编号 domain_id	d1b0ka2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.83 — Aconitase iron-sulfur domain
超家族 Superfamily superfamily	c.83.1 — Aconitase iron-sulfur domain
家族 Family family	c.83.1.1 — Aconitase iron-sulfur domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b0kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	499 — Aconitase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, domain 3

结构域编号 domain_id	1b0kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1060 — Aconitase; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1b0kA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	499 — Aconitase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, domain 3

结构域编号 domain_id	1b0kA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	19 — Aconitase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, domain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	187.800 Å
晶胞边长 b length_b	72.300 Å
晶胞边长 c length_c	74.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.60 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	B 1 1 2
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	—

S642A:FLUOROCITRATE COMPLEX OF ACONITASE