SAXSdb — 1b0m

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ACONITASE)

Sus scrofa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–781	突变：R644Q	FLC CITRATE ANION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B0M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B0J CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH ISOCITRATE 提交 1998-11-10	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	突变：S642A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ICT ISOCITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å
1B0K S642A:FLUOROCITRATE COMPLEX OF ACONITASE 提交 1998-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	突变：S642A	FLC CITRATE ANION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å
5ACN STRUCTURE OF ACTIVATED ACONITASE. FORMATION OF THE (4FE-4S) CLUSTER IN THE CRYSTAL 提交 1990-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 F3S FE3-S4 CLUSTER × 1 TRC TRICARBALLYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
6ACN STRUCTURE OF ACTIVATED ACONITASE. FORMATION OF THE (4FE-4S) CLUSTER IN THE CRYSTAL 提交 1990-01-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TRC TRICARBALLYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
7ACN CRYSTAL STRUCTURES OF ACONITASE WITH ISOCITRATE AND NITROISOCITRATE BOUND 提交 1991-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–781（753 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ICT ISOCITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACON_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–753； UniProt 29–781

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b0m
沉积日期 deposition_date	1998-11-11
结构标题 title	ACONITASE R644Q:FLUOROCITRATE COMPLEX
关键词 keywords	HYDROLASE, ACONITASE R644Q, FLUOROCITRATE COMPLEX; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.49 Å
零角强度 I(0) i0	112945000.00
分子量 molecular_weight	83076.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103610 Å³
包络体积 envelope_volume	117990 Å³
水化壳体积 shell_volume	36947 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.18 Å
包络 Rg envelope_rg	25.76 Å
形状 Rg shape_rg	25.52 Å
总 Rg total_rg	26.18 Å
总原子数 total_atoms	5834
残基数 n_residues	753
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	112900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.972

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ACONITASE)
分子量 formula_weight	82648.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.3
突变 mutation	R644Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6175

RAKVAMSHFEPHEYIRYDLLEKNIDIVRKRLNRPLTLSEKIVYGHLDDPANQEIERGKTYLRLRPDRVAMQDATAQMAMLQFISSGLPKVAVPSTIHCDHLIEAQLGGEKDLRRAKDINQEVYNFLATAGAKYGVGFWRPGSGIIHQIILENYAYPGVLLIGTDSHTPNGGGLGGICIGVGGADAVDVMAGIPWELKCPKVIGVKLTGSLSGWTSPKDVILKVAGILTVKGGTGAIVEYHGPGVDSISCTGMATICNMGAEIGATTSVFPYNHRMKKYLSKTGRADIANLADEFKDHLVPDPGCHYDQVIEINLSELKPHINGPFTPDLAHPVAEVGSVAEKEGWPLDIRVGLIGSCTNSSYEDMGRSAAVAKQALAHGLKCKSQFTITPGSEQIRATIERDGYAQVLRDVGGIVLANACGPCIGQWDRKDIKKGEKNTIVTSYNRNFTGRNDANPETHAFVTSPEIVTALAIAGTLKFNPETDFLTGKDGKKFKLEAPDADELPRAEFDPGQDTYQHPPKDSSGQRVDVSPTSQRLQLLEPFDKWDGKDLEDLQILIKVKGKCTTDHISAAGPWLKFRGHLDNISNNLLIGAINIENRKANSVRNAVTQEFGPVPDTARYYKQHGIRWVVIGDENYGEGSSQEHSALEPRHLGGRAIITKSFARIHETNLKKQGLLPLTFADPADYNKIHPVDKLTIQGLKDFAPGKPLKCIIKHPNGTQETILLNHTFNETQIEWFRAGSALNRMKELQQK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	341

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b0ma1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.2 — LeuD/IlvD-like
家族 Family family	c.8.2.1 — LeuD-like

结构域编号 domain_id	d1b0ma2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.83 — Aconitase iron-sulfur domain
超家族 Superfamily superfamily	c.83.1 — Aconitase iron-sulfur domain
家族 Family family	c.83.1.1 — Aconitase iron-sulfur domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b0mA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	499 — Aconitase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, domain 3

结构域编号 domain_id	1b0mA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1060 — Aconitase; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, Domain 2

结构域编号 domain_id	1b0mA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	499 — Aconitase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, domain 3

结构域编号 domain_id	1b0mA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	19 — Aconitase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aconitase, domain 4

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	176.900 Å
晶胞边长 b length_b	71.900 Å
晶胞边长 c length_c	73.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/b0/1b0m/1b0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b0/1b0m/1b0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b0/1b0m/1b0m.dat

ACONITASE R644Q:FLUOROCITRATE COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ACONITASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction