SAXSdb — 1b16

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ALCOHOL DEHYDROGENASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–254 链 B； UniProt 1–254	未记录	NAQ NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE 3-PENTANONE ADDUCT × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 2000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH= 7.5, 1MM NAD+, 1% 3-PENTANONE, 4 C.	分辨率 1.40 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B16	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A4U ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS 提交 1998-02-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）链 B 1–254（254 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 1.92 Å R-free 0.238
1B14 Alcohol Dehydrogenase from Drosophila Lebanonensis Binary Complex with NAD+ 提交 1998-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）链 B 1–254（254 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 2000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH=7.0, 277 K.	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
1B15 ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS TERNARY COMPLEX WITH NAD-ACETONE 提交 1998-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）链 B 1–254（254 aa）	未记录	NAE NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE ACETONE ADDUCT × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 2000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH=7.5, 1MM NAD+, 1% ACETONE, 277 K.	分辨率 2.20 Å R-free 0.258
1B2L ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS: TERNARY COMPLEX WITH NAD-CYCLOHEXANONE 提交 1998-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NDC NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE CYCLOHEXANONE × 2 CYH CYCLOHEXANONE × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 2000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH= 8.0, 1MM NAD+, 1% CYCLOHEXANONE, 277 K.	分辨率 1.60 Å R-free 0.212
1SBY Alcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonensis complexed with NAD+ and 2,2,2-trifluoroethanol at 1.1 A resolution 提交 2004-02-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）链 B 1–254（254 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 ETF TRIFLUOROETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M CaCl2, 0.1M Tris/HCl, 28% w/v PEG 2000, 10mM NAD, 10mM 2,2,2-trifluoroethanol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.10 Å R-free 0.172
3RJ5 Structure of alcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonesis T114V mutant complexed with NAD+ 提交 2011-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）链 B 1–254（254 aa）	突变：T114V 突变：T114V	ACY ACETIC ACID × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；24.8% PEG (3350), 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.239
3RJ9 Structure of alcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonesis T114V mutant complexed with NAD+ 提交 2011-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）链 B 1–254（254 aa）	突变：T111V 突变：T111V	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；24.8% PEG (3350), 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.256
3RJ9 Structure of alcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonesis T114V mutant complexed with NAD+ 提交 2011-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–254（254 aa）链 D 1–254（254 aa）	突变：T111V 突变：T111V	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；24.8% PEG (3350), 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.256
3RJ9 Structure of alcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonesis T114V mutant complexed with NAD+ 提交 2011-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–254（254 aa）链 F 1–254（254 aa）	突变：T111V 突变：T111V	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；24.8% PEG (3350), 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.256

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADH_DROLE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 B； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b16
沉积日期 deposition_date	1998-11-25
结构标题 title	ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS TERNARY COMPLEX WITH NAD-3-PENTANONE
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, DETOXIFICATION, METABOLISM, ALCOHOL DEHYDROGENASE, DROSOPHILA LEBANONENSIS, SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES, TERNARY COMPLEX, NAD-3- PENTANONE ADDUCT ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.47 Å
零角强度 I(0) i0	50684300.00
分子量 molecular_weight	57081.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72212 Å³
包络体积 envelope_volume	80860 Å³
水化壳体积 shell_volume	28485 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.17 Å
包络 Rg envelope_rg	23.75 Å
形状 Rg shape_rg	23.44 Å
总 Rg total_rg	24.43 Å
总原子数 total_atoms	4026
残基数 n_residues	508
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8694
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.406
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.184
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ALCOHOL DEHYDROGENASE)
分子量 formula_weight	27824.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4567

MDLTNKNVIFVAALGGIGLDTSRELVKRNLKNFVILDRVENPTALAELKAINPKVNITFHTYDVTVPVAESKKLLKKIFDQLKTVDILINGAGILDDHQIERTIAINFTGLVNTTTAILDFWDKRKGGPGGIIANICSVTGFNAIHQVPVYSASKAAVVSFTNSLAKLAPITGVTAYSINPGITRTPLVHTFNSWLDVEPRVAELLLSHPTQTSEQCGQNFVKAIEANKNGAIWKLDLGTLEAIEWTKHWDSHI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE 3-PENTANONE ADDUCT
分子量 formula_weight	747.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	485

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b16a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1b16b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1b16A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1b16B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	66.800 Å
晶胞边长 b length_b	53.000 Å
晶胞边长 c length_c	70.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2130

fit	/app/data/saxs_computation/b1/1b16/1b16.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b1/1b16/1b16.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b1/1b16/1b16.dat

ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS TERNARY COMPLEX WITH NAD-3-PENTANONE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ALCOHOL DEHYDROGENASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction