SAXSdb — 1b28

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)

Enterobacteria phage P22

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–53 链 B； UniProt 1–53	突变：CHAIN A: R31M,E36Y,R40L, CHAIN B: R131M,E136Y,R140L	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KPI, 150 mM NACL	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B28	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ARQ RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF THE ARC REPRESSOR 提交 1993-08-24	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ARR RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF THE ARC REPRESSOR 提交 1993-08-24	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1BAZ ARC REPRESSOR MUTANT PHE10VAL 提交 1998-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）链 C 1–53（53 aa）链 D 1–53（53 aa）	突变：F10V 突变：F10V 突变：F10V 突变：F10V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 40-45% SATURATED AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, BY MACROSEEDING USING CRYSTALS OF THE WILD TYPE PROTEIN	分辨率 1.90 Å R-free 0.273
1BDT WILD TYPE GENE-REGULATING PROTEIN ARC/DNA COMPLEX 提交 1998-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）链 C 1–53（53 aa）链 D 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
1MYK CRYSTAL STRUCTURE, FOLDING, AND OPERATOR BINDING OF THE HYPERSTABLE ARC REPRESSOR MUTANT PL8 提交 1994-10-12	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
1MYL SUBSTITUTING HYDROPHOBIC RESIDUES FOR A BURIED SALT BRIDGE ENHANCES PROTEIN STABILITY BUT DOES NOT REDUCE CONFORMATIONAL SPECIFICITY 提交 1994-10-06	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.293
1MYL SUBSTITUTING HYDROPHOBIC RESIDUES FOR A BURIED SALT BRIDGE ENHANCES PROTEIN STABILITY BUT DOES NOT REDUCE CONFORMATIONAL SPECIFICITY 提交 1994-10-06	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–53（53 aa）链 F 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.293
1MYL SUBSTITUTING HYDROPHOBIC RESIDUES FOR A BURIED SALT BRIDGE ENHANCES PROTEIN STABILITY BUT DOES NOT REDUCE CONFORMATIONAL SPECIFICITY 提交 1994-10-06	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–53（53 aa）链 D 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.293
1NLA Solution Structure of Switch Arc, a Mutant with 3(10) Helices Replacing a Wild-Type Beta-Ribbon 提交 2003-01-06	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）	突变：N11L, L12N 突变：N11L, L12N	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM phosphate；压力 ambient NMR测量条件 pH 4.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient NMR测量条件 pH 4.67；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate, 150 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 4 mM uniform 15N-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc) \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 7.5 mM 10% 13C-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc) \| 90% H2O, 10% D20 NMR样品组成 5 mM uniform 15N-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc) \| 100% D2O	分辨率未提供
1PAR DNA RECOGNITION BY BETA-SHEETS IN THE ARC REPRESSOR-OPERATOR CRYSTAL STRUCTURE 提交 1994-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）链 C 1–53（53 aa）链 D 1–53（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å
1QTG AVERAGED NMR MODEL OF SWITCH ARC, A DOUBLE MUTANT OF ARC REPRESSOR 提交 1999-06-27	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–53（53 aa）链 B 1–53（53 aa）	突变：N11L, L12N 突变：N11L, L12N	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RARC_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b28
沉积日期 deposition_date	1998-12-05
结构标题 title	ARC REPRESSOR MYL MUTANT FROM SALMONELLA BACTERIOPHAGE P22
关键词 keywords	TRANSCRIPTION REGULATION, HYPERSTABLE MUTANT, ARC REPRESSOR, TRANSLATION-REGULATION COMPLEX; TRANSLATION/REGULATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.85 Å
零角强度 I(0) i0	417779000.00
分子量 molecular_weight	173500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	218090 Å³
包络体积 envelope_volume	31282 Å³
水化壳体积 shell_volume	15992 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.56 Å
包络 Rg envelope_rg	16.78 Å
形状 Rg shape_rg	13.72 Å
总 Rg total_rg	14.52 Å
总原子数 total_atoms	24528
残基数 n_residues	1484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.6 Å
Rg (实空间) rg_real	14.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	417800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7886
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	245100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b28a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors

结构域编号 domain_id	d1b28b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1b28A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1b28B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)
分子量 formula_weight	6202.3 kDa
突变 mutation	CHAIN A: R31M,E36Y,R40L, CHAIN B: R131M,E136Y,R140L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	24528

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

ARC REPRESSOR MYL MUTANT FROM SALMONELLA BACTERIOPHAGE P22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/b2/1b28/1b28.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b2/1b28/1b28.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b2/1b28/1b28.dat