SAXSdb — 1b31

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (XYLANASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.9M (NH4)2SO4, 0.1M TRISHCL PH 8.4 AT 4 C	分辨率 1.75 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B31	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B3V XYLANASE FROM PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM, COMPLEX WITH XYLOSE 提交 1998-12-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–302（302 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XYP beta-D-xylopyranose × 3 XYS alpha-D-xylopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.9M (NH4)2SO4, 0.1M TRISHCL PH 8.4 AT 4 C	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1BG4 XYLANASE FROM PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM 提交 1998-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–302（301 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.9M (NH4)2SO4, 0.1M TRISHCL PH 8.4 AT 4 C, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYNA_PENSI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–302； UniProt 1–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b31
沉积日期 deposition_date	1998-12-15
结构标题 title	XYLANASE FROM PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM, NATIVE WITH PEG200 AS CRYOPROTECTANT
关键词 keywords	FAMILY 10 XYLANASE, PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM, GLYCOSYL HYDROLASE, SUBSTRATE BINDING; FAMILY 10 XYLANASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.24 Å
零角强度 I(0) i0	18114800.00
分子量 molecular_weight	32535.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40720 Å³
包络体积 envelope_volume	43686 Å³
水化壳体积 shell_volume	19756 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.83 Å
包络 Rg envelope_rg	18.40 Å
形状 Rg shape_rg	18.22 Å
总 Rg total_rg	19.16 Å
总原子数 total_atoms	2298
残基数 n_residues	301
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8888
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.190
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4446000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1b31a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1b31A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	81.188 Å
晶胞边长 b length_b	81.188 Å
晶胞边长 c length_c	113.042 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2430

描述 description	PROTEIN (XYLANASE)
分子量 formula_weight	32566.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2659

XYLANASE FROM PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM, NATIVE WITH PEG200 AS CRYOPROTECTANT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (XYLANASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	352

fit	/app/data/saxs_computation/b3/1b31/1b31.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/1b31/1b31.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/1b31/1b31.dat