1b33

STRUCTURE OF LIGHT HARVESTING COMPLEX OF ALLOPHYCOCYANIN ALPHA AND BETA CHAINS/CORE-LINKER COMPLEX AP*LC7.8

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 172.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–160 链 C； UniProt 1–160 链 E； UniProt 1–160	片段：ALPHA CHAINS	ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN × 3 （P00318） PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE × 1 （P20116） CYC PHYCOCYANOBILIN × 6 BO4 BORATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.9	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–160 链 J； UniProt 1–160 链 L； UniProt 1–160	片段：ALPHA CHAINS	ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN × 3 （P00318） PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE × 1 （P20116） CYC PHYCOCYANOBILIN × 6 BO4 BORATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.9	分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHAA_MASLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 C； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 H； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 J； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 L； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN

物种未注明

UniProt P00318

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–161 链 D； UniProt 1–161 链 F； UniProt 1–161	片段：BETA CHAINS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN × 3 （P00315） PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE × 1 （P20116） CYC PHYCOCYANOBILIN × 6 BO4 BORATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.9	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–161 链 K； UniProt 1–161 链 M； UniProt 1–161	片段：BETA CHAINS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN × 3 （P00315） PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE × 1 （P20116） CYC PHYCOCYANOBILIN × 6 BO4 BORATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.9	分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHAB_MASLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 I； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 K； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 M； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE

物种未注明

UniProt P20116

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–67	片段：PEPTIDE LINKER	ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN × 3 （P00315） ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN × 3 （P00318） CYC PHYCOCYANOBILIN × 6 BO4 BORATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.9	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–67	片段：PEPTIDE LINKER	ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN × 3 （P00315） ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN × 3 （P00318） CYC PHYCOCYANOBILIN × 6 BO4 BORATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；pH 7.9	分辨率 2.30 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYC1_MASLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 O； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b33
沉积日期 deposition_date	1998-12-15
结构标题 title	STRUCTURE OF LIGHT HARVESTING COMPLEX OF ALLOPHYCOCYANIN ALPHA AND BETA CHAINS/CORE-LINKER COMPLEX AP*LC7.8
关键词 keywords	LIGHT-HARVESTING PROTEIN, CYANOBACTERIA, ALLOPHYCOCYANIN, LINKER POLYPEPTIDES, COMPLEX STRUCTURE, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.25 Å
零角强度 I(0) i0	740638000.00
分子量 molecular_weight	229910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	289460 Å³
包络体积 envelope_volume	414420 Å³
水化壳体积 shell_volume	68267 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.67 Å
包络 Rg envelope_rg	50.20 Å
形状 Rg shape_rg	52.25 Å
总 Rg total_rg	52.33 Å
总原子数 total_atoms	16158
残基数 n_residues	2054
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.6 Å
Rg (实空间) rg_real	52.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	740400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8570
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.368

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN
分子量 formula_weight	17138.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,H,J,L
原子数 atom_count	17502

SIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKSFVSSGEKRLRIAQILTDNRERIVKQAGDQLFQKRPDVVSPGGNAYGQEMTATCLRDLDYYLRLITYGIVAGDVTPIEEIGIVGVREMYKSLGTPIDAVAAGVSAMKNVASSILSAEDAAEAGAYFDYVAGALA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN
分子量 formula_weight	17403.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,I,K,M

MQDAITAVINSSDVQGKYLDTAALEKLKSYFSTGELRVRAATTIAANAAAIVKEAVAKSLLYSDITRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPISATVQAIQAMKEVTASLVGPDAGKEMGVYFDYICSGLS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE
分子量 formula_weight	7753.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,O

GRLFKITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYENWFREQQRIQKMGGKIVKVELATGKQGINTGLA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BORATE ION
分子量 formula_weight	78.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1344

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1b33a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33i_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33j_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33k_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33l_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33m_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b33n_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.30 — Allophycocyanin linker chain (domain)
超家族 Superfamily superfamily	d.30.1 — Allophycocyanin linker chain (domain)
家族 Family family	d.30.1.1 — Allophycocyanin linker chain (domain)

结构域编号 domain_id	d1b33o_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.30 — Allophycocyanin linker chain (domain)
超家族 Superfamily superfamily	d.30.1 — Allophycocyanin linker chain (domain)
家族 Family family	d.30.1.1 — Allophycocyanin linker chain (domain)

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1b33A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b33N01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Allophycocyanin linker chain (domain)

结构域编号 domain_id	1b33O01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Allophycocyanin linker chain (domain)

▶

8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	176.120 Å
晶胞边长 b length_b	151.900 Å
晶胞边长 c length_c	137.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/b3/1b33/1b33.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/1b33/1b33.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/1b33/1b33.dat

STRUCTURE OF LIGHT HARVESTING COMPLEX OF ALLOPHYCOCYANIN ALPHA AND BETA CHAINS/CORE-LINKER COMPLEX AP*LC7.8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALLOPHYCOCYANIN, ALPHA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ALLOPHYCOCYANIN, BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PHYCOBILISOME 7.8 KD LINKER POLYPEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)