SAXSdb — 1b3n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–413	未记录	CER (2S, 3R)-3-HYDROXY-4-OXO-7,10-TRANS,TRANS-DODECADIENAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；5.6 MG/ML KAS-CERULENIN COMPLEX IN 0.3M NACL, 25MM TRIS PH8.0, 5MM IMIDAZOLE AND 10% (V/V) GLYCEROL WERE MIXED (2+2UL) WITH A 1000 UL RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 26% W/V PEG8000 0.1% V/V 2-MERCAPTOETHANOL AND WATER. CRYSTALS APPEARED IN A FEW DAYS	分辨率 2.65 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B3N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KAS BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE II FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1997-12-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–412（412 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
2GFV Structure of E. coli FabF (KASII) C163Q mutant 提交 2006-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–412（412 aa）	突变：C163Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.247
2GFW Structure of wild type E. coli FabF (KASII) 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–412（412 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.268
2GFX Structure of E. coli FabF(C163Q) in complex with Platensimycin 提交 2006-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–412（412 aa）	突变：C163Q	PMN PLATENSIMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.59 Å R-free 0.255
2GFY Structure of E. coli FabF(K335A) mutant with covalently linked dodecanoic acid 提交 2006-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–412（412 aa）	突变：K335A	DAO LAURIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.243
3G0Y Structure of E. coli FabF(C163Q) in complex with dihydroplatensimycin 提交 2009-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–413（412 aa）	突变：C163Q	P9A 3-({3-[(1S,4aS,6S,7S,9S,9aR)-1,6-dimethyl-2-oxodecahydro-6,9-epoxy-4a,7-methanobenzo[7]annulen-1-yl]propanoyl}amino)-2,4-dihydroxybenzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3G11 Structure of E. coli FabF(C163Q) in complex with dihydrophenyl platensimycin 提交 2009-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–413（412 aa）	突变：C163Q	P9C 3-({3-[(1S,4S,4aS,6S,7S,9S,9aR)-1,6-dimethyl-2-oxo-4-phenyldecahydro-6,9-epoxy-4a,7-methanobenzo[7]annulen-1-yl]propanoyl}amino)-2,4-dihydroxybenzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
3HNZ Structure of E. coli FabF(C163A) in Complex with Platensimycin 提交 2009-06-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–413（412 aa）	突变：C163A	PMN PLATENSIMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.75 Å R-free 0.256
3HO2 Structure of E.coli FabF(C163A) in complex with Platencin 提交 2009-06-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–413（412 aa）	突变：C163A	N32 2,4-dihydroxy-3-({3-[(2S,4aS,8S,8aR)-8-methyl-3-methylidene-7-oxo-1,3,4,7,8,8a-hexahydro-2H-2,4a-ethanonaphthalen-8-yl]propanoyl}amino)benzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
3HO9 Structure of E.coli FabF(C163A) in complex with Platencin A1 提交 2009-06-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–413（412 aa）	突变：C163A	N3A 2,4-dihydroxy-3-({3-[(2R,4aR,8S,8aR,9R)-9-hydroxy-8-methyl-3-methylidene-7-oxo-1,3,4,7,8,8a-hexahydro-2H-2,4a-ethanonap hthalen-8-yl]propanoyl}amino)benzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.190
3I8P Crystal structure of E. coli FabF(C163A) in complex with Platensimycin A1 提交 2009-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–413（413 aa）	突变：C163A	840 Platensimycin A1 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；19-24% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.182
6OKG Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C16-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–413（413 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 MU4 N-[2-(hexadecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
6OLT Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C12-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2019-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–413（413 aa）	未记录	MRJ N-[2-(dodecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate	分辨率 2.35 Å R-free 0.239
7L4E Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C16:1-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2020-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–413（413 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MU4 N-[2-(hexadecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
7L4L Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C8-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP 提交 2020-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–413（413 aa）链 B 1–413（413 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 DYF [(3~{R})-2,2-dimethyl-4-[[3-[2-[[(~{E})-oct-2-enoyl]amino]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] dihydrogen phosphate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；281 K；30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
9LPL E. coli FabF mutant -C163Q 提交 2025-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–413（412 aa）链 B 2–413（412 aa）	突变：C163Q 突变：C163Q	A1EWE 3-(3-((2S,3S,5S,5aR,6S,12cR)-11-(tert-butyl)-2,6-dimethyl-7-oxo-1,2,3,4,5,5a,6,7-octahydro-2,5-epoxy-3,12c-methanobenzo[b]cyclohepta[5,6]benzo[1,2-d]thiophen-6-yl)propanamido)-2,4-dihydroxybenzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M BIS-Tris, 0.2 M Magnesium chloride, 20 % w/v polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.263

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FABF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–412； UniProt 2–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b3n
沉积日期 deposition_date	1998-12-14
结构标题 title	BETA-KETOACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE AS A DRUG TARGET, IMPLICATIONS FROM THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX WITH THE INHIBITOR CERULENIN.
关键词 keywords	CONDENSING ENZYMES, FATTY ACID ELONGATION, CERULENIN INHIBITION, LIPID METABOLISM, DRUG DESIGN, DRUG TARGET; CONDENSING ENZYMES
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.54 Å
零角强度 I(0) i0	32674900.00
分子量 molecular_weight	43045.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53507 Å³
包络体积 envelope_volume	61714 Å³
水化壳体积 shell_volume	24393 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.1 Å
壳层 Rg shell_rg	28.06 Å
包络 Rg envelope_rg	21.11 Å
形状 Rg shape_rg	20.53 Å
总 Rg total_rg	21.47 Å
总原子数 total_atoms	3021
残基数 n_residues	411
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7923
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.316
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)
分子量 formula_weight	42958.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.41
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3074

SKRRVVVTGLGMLSPVGNTVESTWKALLAGQSGISLIDHFDTSAYATKFAGLVKDFNCEDIISRKEQRKMDAFIQYGIVAGVQAMQDSGLEITEENATRIGAAIGSGIGGLGLIEENHTSLMNGGPRKISPFFVPSTIVNMVAGHLTIMYGLRGPSISIATACTSGVHNIGHAARIIAYGDADVMVAGGAEKASTPLGVGGFGAARALSTRNDNPQAASRPWDKERDGFVLGDGAGMLVLEEYEHAKKRGAKIYAELVGFGMSSDAYHMTSPPENGAGAALAMANALRDAGIEASQIGYVNAHGTSTPAGDKAEAQAVKTIFGEAASRVLVSSTKSMTGHLLGAAGAVESIYSILALRDQAVPPTINLDNPDEGCDLDFVPHEARQVSGMEYTLCNSFGFGGTNGSLIFKKI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S, 3R)-3-HYDROXY-4-OXO-7,10-TRANS,TRANS-DODECADIENAMIDE
分子量 formula_weight	225.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b3na1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.1 — Thiolase-related

结构域编号 domain_id	d1b3na2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.95.1 — Thiolase-like
家族 Family family	c.95.1.1 — Thiolase-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1b3nA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	1b3nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.394 Å
晶胞边长 b length_b	76.394 Å
晶胞边长 c length_c	147.675 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/b3/1b3n/1b3n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/1b3n/1b3n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/1b3n/1b3n.dat

BETA-KETOACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE AS A DRUG TARGET, IMPLICATIONS FROM THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX WITH THE INHIBITOR CERULENIN.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction