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1b4e

X-ray structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase complexed with the inhibitor levulinic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (5-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE)

Escherichia coli

UniProt P0ACB2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–323 未记录 SO4 SULFATE ION × 24 ZN ZINC ION × 24 SHF LAEVULINIC ACID × 8 GOL GLYCEROL × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；7MG/ML ENZYME AND 2 - 5 % SATURATED AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT. 0.2 M TRIS-HCL USED TO BUFFER THE PH BETWEEN 8.1 AND 8.4. 15MM LEVULINIC ACID, 40UM ZINC SULPHATE AND 4MM BETA- MERCAPTOETHANOL WERE PRESENT., pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.00 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1B4E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1I8J CRYSTAL STRUCTURE OF PORPHOBILINOGEN SYNTHASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR 4,7-DIOXOSEBACIC ACID 提交 2001-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 DSB 4,7-DIOXOSEBACIC ACID × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 3350, GLYCEROL, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 1.90 Å R-free 0.247
1L6S Crystal Structure of Porphobilinogen Synthase Complexed with the Inhibitor 4,7-Dioxosebacic Acid 提交 2002-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 DSB 4,7-DIOXOSEBACIC ACID × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；PEG 3350, 10% GLYCEROL, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.02% SODIUM AZIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
1L6Y Crystal Structure of Porphobilinogen Synthase Complexed with the Inhibitor 4-Oxosebacic Acid 提交 2002-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 4OX 4-OXODECANEDIOIC ACID × 8 GOL GLYCEROL × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；PEG 3350, 10% GLYCEROL, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.02% SODIUM AZIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.90 Å R-free 0.263
5MHB Product-Complex of E.coli 5-Amino Laevulinic Acid Dehydratase 提交 2016-11-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–324（324 aa）
未记录 PBG 3-[5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H-PYRROL-3-YL]PROPANOIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 24 GOL GLYCEROL × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；ALAD at 7 mg per ml mixed with equal volume of well solution: 200 mM Tris pH 8.0 - 8.4, 2 % saturated Ammonium sulphate, 200 microM zinc sulphate, 6 mM beta-mercaptoethanol and 3 mM porphobilinogen. Crystals were grown in the dark.
分辨率 2.10 Å R-free 0.213

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEM2_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b4e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b4e
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b4e
沉积日期 deposition_date1998-12-19
结构标题 titleX-ray structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase complexed with the inhibitor levulinic acid
关键词 keywordsDEHYDRATASE, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.30 Å
零角强度 I(0) i024234900.00
分子量 molecular_weight36257.0 kDa
排除体积 excluded_volume44799 ų
包络体积 envelope_volume52479 ų
水化壳体积 shell_volume21705 ų
包络直径 envelope_diameter81.4 Å
壳层 Rg shell_rg26.81 Å
包络 Rg envelope_rg21.62 Å
形状 Rg shape_rg20.28 Å
总 Rg total_rg21.19 Å
总原子数 total_atoms2522
残基数 n_residues323
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.9 Å
Rg (实空间) rg_real21.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24230000.0000
解质量估计 total_estimate0.7995
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9 Å
偏度 Skewness skewness0.646
峰度 Kurtosis kurtosis0.518
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6866000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.508; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.873; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1b4ea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.3 — 5-aminolaevulinate dehydratase, ALAD (porphobilinogen synthase)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1b4eA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)