SAXSdb — 1b4p

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–218	片段：COMPLETE PROTEIN	SO4 SULFATE ION × 6 GPS L-gamma-glutamyl-S-[(9S,10S)-10-hydroxy-9,10-dihydrophenanthren-9-yl]-L-cysteinylglycine × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；PROTEIN CONC. 10 MG/ML, 25 MM TRIS BUFFER (PH 8.0), 1 MM EDTA, 0.3% OCTYL BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE, 2 MM PRODUCT INHIBITOR (GPS)	分辨率 1.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTM2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b4p
沉积日期 deposition_date	1998-12-26
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF CLASS MU CHIMERIC GST ISOENZYMES M1-2 AND M2-1
关键词 keywords	CHIMERIC GST, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.59 Å
零角强度 I(0) i0	12506700.00
分子量 molecular_weight	26997.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33947 Å³
包络体积 envelope_volume	38120 Å³
水化壳体积 shell_volume	18032 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.92 Å
包络 Rg envelope_rg	17.89 Å
形状 Rg shape_rg	17.58 Å
总 Rg total_rg	18.59 Å
总原子数 total_atoms	1898
残基数 n_residues	217
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.162
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3139000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.961

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
分子量 formula_weight	25740.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2148

PMILGYWNVRGLTHPIRLLLEYTDSSYEEKRYAMGDAPDYDRSQWLNEKFKLGLDFPNLPYLIDGSRKITQSNAIMRYLARKHHLCGETEEERIRVDVLENQAMDTRLQLAMVCYSPDFERKKPEYLEGLPEKMKLYSEFLGKQPWFAGNKITYVDFLVYDVLDQHRIFEPKCLDAFPNLKDFVARFEGLKKISDYMKSGRFLSKPIFAKMAFWNPK

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	L-gamma-glutamyl-S-[(9S,10S)-10-hydroxy-9,10-dihydrophenanthren-9-yl]-L-cysteinylglycine
分子量 formula_weight	501.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b4pa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b4pa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1b4pA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1b4pA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	73.590 Å
晶胞边长 b length_b	82.550 Å
晶胞边长 c length_c	79.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/b4/1b4p/1b4p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b4/1b4p/1b4p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b4/1b4p/1b4p.dat

CRYSTAL STRUCTURES OF CLASS MU CHIMERIC GST ISOENZYMES M1-2 AND M2-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction