SAXSdb — 1b4u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE

Sphingomonas paucimobilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–139 链 C； UniProt 1–139	片段：CHAIN A, C, ALPHA CHAIN, CHAIN B, D, BETA CHAIN	PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE × 2 （P22636） FE FE (III) ION × 2 DHB 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.20 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B4U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BOU THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF LIGAB 提交 1998-08-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–139（139 aa）链 C 1–139（139 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.20 Å R-free 0.206

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCYA_PSEPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 C； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE

Sphingomonas paucimobilis

UniProt P22636

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–302 链 D； UniProt 1–302	片段：CHAIN A, C, ALPHA CHAIN, CHAIN B, D, BETA CHAIN	PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE × 2 （P22635） FE FE (III) ION × 2 DHB 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.20 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B4U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BOU THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF LIGAB 提交 1998-08-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–302（302 aa）链 D 1–302（302 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.20 Å R-free 0.206

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCYB_PSEPA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–302； UniProt 1–302 作者链 D； PDB构建体 1–302； UniProt 1–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b4u
沉积日期 deposition_date	1998-12-29
结构标题 title	PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE (LIGAB) IN COMPLEX WITH PROTOCATECHUATE (PCA)
关键词 keywords	EXTRADIOL TYPE DIOXYGENASE, PROTOCATECHUATE, NON-HEME IRON PROTEIN, DIOXYGENASE; DIOXYGENASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.07 Å
零角强度 I(0) i0	146028000.00
分子量 molecular_weight	95422.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119100 Å³
包络体积 envelope_volume	139400 Å³
水化壳体积 shell_volume	40107 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.56 Å
包络 Rg envelope_rg	28.15 Å
形状 Rg shape_rg	28.08 Å
总 Rg total_rg	28.82 Å
总原子数 total_atoms	6708
残基数 n_residues	860
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.939

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE
分子量 formula_weight	15567.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6897

MTEKKERIDVHAYLAEFDDIPGTRVFTAQRARKGYNLNQFAMSLMKAENRERFKADESAYLDEWNLTPAAKAAVLARDYNAMIDEGGNVYFLSKLFSTDGKSFQFAAGSMTGMTQEEYAQMMIDGGRSPAGVRSIKGGY

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas paucimobilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13689
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE
分子量 formula_weight	33323.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MARVTTGITSSHIPALGAAIQTGTSDNDYWGPVFKGYQPIRDWIKQPGNMPDVVILVYNDHASAFDMNIIPTFAIGCAETFKPADEGWGPRPVPDVKGHPDLAWHIAQSLILDEFDMTIMNQMDVDHGCTVPLSMIFGEPEEWPCKVIPFPVNVVTYPPPSGKRCFALGDSIRAAVESFPEDLNVHVWGTGGMSHQLQGPRAGLINKEFDLNFIDKLISDPEELSKMPHIQYLRESGSEGVELVMWLIMRGALPEKVRDLYTFYHIPASNTALGAMILQPEETAGTPLEPRKVMSGHSLAQA

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas paucimobilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13689
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID
分子量 formula_weight	154.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1b4ua_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.88 — LigA subunit of an aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB
超家族 Superfamily superfamily	a.88.1 — LigA subunit of an aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB
家族 Family family	a.88.1.1 — LigA subunit of an aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB

结构域编号 domain_id	d1b4ub_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.6 — LigB-like
家族 Family family	c.56.6.1 — LigB-like

结构域编号 domain_id	d1b4uc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.88 — LigA subunit of an aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB
超家族 Superfamily superfamily	a.88.1 — LigA subunit of an aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB
家族 Family family	a.88.1.1 — LigA subunit of an aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB

结构域编号 domain_id	d1b4ud_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.6 — LigB-like
家族 Family family	c.56.6.1 — LigB-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b4uA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	700 — Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dioxygenase LigAB, LigA subunit

结构域编号 domain_id	1b4uB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — LigB-like

结构域编号 domain_id	1b4uC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	700 — Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dioxygenase LigAB, LigA subunit

结构域编号 domain_id	1b4uD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — LigB-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.400 Å
晶胞边长 b length_b	66.500 Å
晶胞边长 c length_c	119.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.2200

fit	/app/data/saxs_computation/b4/1b4u/1b4u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b4/1b4u/1b4u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b4/1b4u/1b4u.dat

PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE (LIGAB) IN COMPLEX WITH PROTOCATECHUATE (PCA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTOCATECHUATE 4,5-DIOXYGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)