1b50

NMR STRUCTURE OF HUMAN MIP-1A D26A, 10 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 58.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MIP-1A

Homo sapiens

UniProt P10147

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–92 链 B; UniProt 24–92 突变:D26A 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 3.5;318 K;离子强度(mmCIF原始值)NO ADDED SALT;压力 1 NMR样品组成:10% H2O/90% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCL3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–69; UniProt 24–92 作者链 B; PDB构建体 1–69; UniProt 24–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b50

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b50
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b50
沉积日期 deposition_date1999-01-11
结构标题 titleNMR STRUCTURE OF HUMAN MIP-1A D26A, 10 STRUCTURES
关键词 keywordsCHEMOKINE, CYTOKINE, CHEMOTAXIS; CHEMOKINE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.25
零角强度 I(0) i0351508000.00
分子量 molecular_weight153430.0 kDa
排除体积 excluded_volume190400 ų
包络体积 envelope_volume52743 ų
水化壳体积 shell_volume22257 ų
包络直径 envelope_diameter61.3
壳层 Rg shell_rg26.24
包络 Rg envelope_rg19.62
形状 Rg shape_rg17.28
总 Rg total_rg17.47
总原子数 total_atoms21060
残基数 n_residues1380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.1
Rg (实空间) rg_real17.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real3.5150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal351500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8093
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.6
偏度 Skewness skewness0.328
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1803000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1b50a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd1b50b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1b50A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id1b50B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)