SAXSdb — 1b5q

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 6 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 6 PDB 声明：hexameric	实体 1：PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE) × 6 实体 2：2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 实体 3：;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	实体 1片段：FAD-BINDING DOMAIN	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 6 MD2 N,N'-BIS(2,3-BUTADIENYL)-1,4-BUTANE-DIAMINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.90 Å
2	其他组合同源多聚体蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric	实体 1：PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE) × 2 实体 3：;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	实体 1片段：FAD-BINDING DOMAIN	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 MD2 N,N'-BIS(2,3-BUTADIENYL)-1,4-BUTANE-DIAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.90 Å
3	其他组合同源多聚体蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric	实体 1：PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE) × 2 实体 2：2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	实体 1片段：FAD-BINDING DOMAIN	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 MD2 N,N'-BIS(2,3-BUTADIENYL)-1,4-BUTANE-DIAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.6	分辨率 1.90 Å

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b5q
沉积日期 deposition_date	1999-01-07
结构标题 title	A 30 ANGSTROM U-SHAPED CATALYTIC TUNNEL IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF POLYAMINE OXIDASE
关键词 keywords	FLAVIN-DEPENDENT AMINE OXIDASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.49 Å
零角强度 I(0) i0	385763000.00
分子量 molecular_weight	161980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	202660 Å³
包络体积 envelope_volume	270590 Å³
水化壳体积 shell_volume	53225 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.43 Å
包络 Rg envelope_rg	41.69 Å
形状 Rg shape_rg	42.42 Å
总 Rg total_rg	42.94 Å
总原子数 total_atoms	11431
残基数 n_residues	1383
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.5 Å
Rg (实空间) rg_real	42.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	385700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8738
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.880
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.877

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE)
分子量 formula_weight	53698.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	12059

ATVGPRVIVVGAGMSGISAAKRLSEAGITDLLILEATDHIGGRMHKTNFAGINVELGANWVEGVNGGKMNPIWPIVNSTLKLRNFRSDFDYLAQNVYKEDGGVYDEDYVQKRIELADSVEEMGEKLSATLHASGRDDMSILAMQRLNEHQPNGPATPVDMVVDYYKFDYEFAEPPRVTSLQNTVPLATFSDFGDDVYFVADQRGYEAVVYYLAGQYLKTDDKSGKIVDPRLQLNKVVREIKYSPGGVTVKTEDNSVYSADYVMVSASLGVLQSDLIQFKPKLPTWKVRAIYQFDMAVYTKIFLKFPRKFWPEGKGREFFLYASSRRGYYGVWQEFEKQYPDANVLLVTVTDEESRRIEQQSDEQTKAEIMQVLRKMFPGKDVPDATDILVPRWWSDRFYKGTFSNWPVGVNRYEYDQLRAPVGRVYFTGEHTSEHYNGYVHGAYLSGIDSAEILINCAQKKMCKYHVQGKYD

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N,N'-BIS(2,3-BUTADIENYL)-1,4-BUTANE-DIAMINE
分子量 formula_weight	192.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	628

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1b5qa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b5qa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

结构域编号 domain_id	d1b5qb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b5qb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

结构域编号 domain_id	d1b5qc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b5qc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1b5qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1b5qA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1b5qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1b5qB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1b5qC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1b5qC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	184.600 Å
晶胞边长 b length_b	184.600 Å
晶胞边长 c length_c	281.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/b5/1b5q/1b5q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/1b5q/1b5q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/1b5q/1b5q.dat

A 30 ANGSTROM U-SHAPED CATALYTIC TUNNEL IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF POLYAMINE OXIDASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction