SAXSdb — 1b79

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaB Helicase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–129	片段：N-TERMINAL DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 16–129	片段：N-TERMINAL DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 16–129	片段：N-TERMINAL DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 16–129	片段：N-TERMINAL DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B79	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JWE NMR Structure of the N-Terminal Domain of E. Coli Dnab Helicase 提交 1999-01-22	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–137（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 1	分辨率未提供
6QEM E. coli DnaBC complex bound to ssDNA 提交 2019-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7T20 E. coli DnaB bound to ssDNA and AMPPNP 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 4.70 Å
7T21 E. coli DnaB bound to ssDNA and ADP-AlF4 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 5.40 Å
7T22 E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 4.20 Å
8V9T Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio 提交 2023-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 2.84 Å
9ECO E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C	ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 2.83 Å
9OA1 Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio. 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 2.66 Å
9OA2 Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio. 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 3.85 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–119； UniProt 16–129 作者链 B； PDB构建体 6–119； UniProt 16–129 作者链 C； PDB构建体 6–119； UniProt 16–129 作者链 D； PDB构建体 6–119； UniProt 16–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b79
沉积日期 deposition_date	1999-01-28
结构标题 title	N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB
关键词 keywords	HELICASE, HEXAMER, DNA REPLICATION, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.02 Å
零角强度 I(0) i0	37006700.00
分子量 molecular_weight	45408.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55996 Å³
包络体积 envelope_volume	74068 Å³
水化壳体积 shell_volume	22558 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.05 Å
包络 Rg envelope_rg	29.57 Å
形状 Rg shape_rg	30.01 Å
总 Rg total_rg	30.43 Å
总原子数 total_atoms	3202
残基数 n_residues	410
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5511000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.818; Smooth: 0.855

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1b79a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.81 — N-terminal domain of DnaB helicase
超家族 Superfamily superfamily	a.81.1 — N-terminal domain of DnaB helicase
家族 Family family	a.81.1.1 — N-terminal domain of DnaB helicase

结构域编号 domain_id	d1b79b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.81 — N-terminal domain of DnaB helicase
超家族 Superfamily superfamily	a.81.1 — N-terminal domain of DnaB helicase
家族 Family family	a.81.1.1 — N-terminal domain of DnaB helicase

结构域编号 domain_id	d1b79c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.81 — N-terminal domain of DnaB helicase
超家族 Superfamily superfamily	a.81.1 — N-terminal domain of DnaB helicase
家族 Family family	a.81.1.1 — N-terminal domain of DnaB helicase

结构域编号 domain_id	d1b79d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.81 — N-terminal domain of DnaB helicase
超家族 Superfamily superfamily	a.81.1 — N-terminal domain of DnaB helicase
家族 Family family	a.81.1.1 — N-terminal domain of DnaB helicase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b79A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	1b79B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	1b79C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	1b79D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	35.300 Å
晶胞边长 b length_b	66.400 Å
晶胞边长 c length_c	107.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2630
R_free r_free	0.2930

描述 description	DnaB Helicase
分子量 formula_weight	13222.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3245

N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaB Helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

fit	/app/data/saxs_computation/b7/1b79/1b79.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b7/1b79/1b79.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b7/1b79/1b79.dat