SAXSdb — 1b7f

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)

Drosophila melanogaster

UniProt P19339

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 82–249	片段：2 RNP-DOMAINS 突变：F166Y	;RNA (5'-R(PGPUPUPGPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 82–249	片段：2 RNP-DOMAINS 突变：F166Y	;RNA (5'-R(PGPUPUPGPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B7F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SXL RESONANCE ASSIGNMENTS AND SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN OF SEX-LETHAL DETERMINED BY MULTIDIMENSIONAL HETERONUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1994-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 199–294（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2SXL SEX-LETHAL RBD1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–209（88 aa）片段：RNA-BINDING DOMAIN 1 (RBD1), RESIDUES 122 - 209	突变：F166Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K	分辨率未提供
3SXL SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER 提交 1999-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–294（184 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.80	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3SXL SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER 提交 1999-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–294（184 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.80	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3SXL SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER 提交 1999-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–294（184 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.80	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4QQB Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 122–294（173 aa）片段：RRM1-RRM2, UNP residues 122-294	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4QQB Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 122–294（173 aa）片段：RRM1-RRM2, UNP residues 122-294	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.236

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SXL_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 82–249 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 82–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b7f
沉积日期 deposition_date	1999-01-23
结构标题 title	SXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX
关键词 keywords	;SPLICING REGULATION, RNP DOMAIN, RNA COMPLEX, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, RNA-BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX ;; RNA-BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.10 Å
零角强度 I(0) i0	41877400.00
分子量 molecular_weight	45330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54449 Å³
包络体积 envelope_volume	74722 Å³
水化壳体积 shell_volume	22069 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.18 Å
包络 Rg envelope_rg	29.24 Å
形状 Rg shape_rg	30.08 Å
总 Rg total_rg	30.60 Å
总原子数 total_atoms	3152
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8295
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.805
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6178000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.622; Smooth: 0.840

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PGPUPUPGPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3707.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P,Q
原子数 atom_count	3236

GUUGUUUUUUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)
分子量 formula_weight	18971.6 kDa
突变 mutation	F166Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNGITVRNKRLKVSYARPGGESIKDTNLYVTNLPRTITDDQLDTIFGKYGSIVQKNILRDKLTGRPRGVAFVRYNKREEAQEAISALNNVIPEGGSQPLSVRLA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1b7fa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1b7fa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1b7fb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1b7fb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b7fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1b7fA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1b7fB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1b7fB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	77.900 Å
晶胞边长 b length_b	86.800 Å
晶胞边长 c length_c	160.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2940

fit	/app/data/saxs_computation/b7/1b7f/1b7f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b7/1b7f/1b7f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b7/1b7f/1b7f.dat

SXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)