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1b87

CRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1) ;

物种未注明

UniProt Q47764

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–181 突变：VAL127GLU ACO ACETYL COENZYME *A × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.234
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–181 突变：VAL127GLU ACO ACETYL COENZYME *A × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1B87 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1N71 Crystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii in complex with coenzyme A 提交 2002-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–180（180 aa）
链 B 1–180（180 aa）
未记录 COA COENZYME A × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
1N71 Crystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii in complex with coenzyme A 提交 2002-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–180（180 aa）
链 D 1–180（180 aa）
未记录 COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
1N71 Crystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii in complex with coenzyme A 提交 2002-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–180（180 aa）
链 B 1–180（180 aa）
链 C 1–180（180 aa）
链 D 1–180（180 aa）
未记录 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
2A4N Crystal structure of aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase complexed with coenzyme A 提交 2005-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–182（182 aa）
链 B 1–182（182 aa）
未记录 COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；HEPES, EDTA, coenzyme A, 2-(6'-N-sisomycin)acetic acid, tri-sodium citrate, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
2A4N Crystal structure of aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase complexed with coenzyme A 提交 2005-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–182（182 aa）
链 B 1–182（182 aa）
未记录 COA COENZYME A × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；HEPES, EDTA, coenzyme A, 2-(6'-N-sisomycin)acetic acid, tri-sodium citrate, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.20 Å R-free 0.255
7BXZ Crystal structure of the aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase from Enterococcus faecium 提交 2020-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–182（182 aa）
链 B 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM HEPES-Na (pH 7.0), 10 mM magnesium chloride, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.50 Å R-free 0.265
7BXZ Crystal structure of the aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase from Enterococcus faecium 提交 2020-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–182（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM HEPES-Na (pH 7.0), 10 mM magnesium chloride, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.50 Å R-free 0.265

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q47764_ENTFC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b87

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b87
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b87
沉积日期 deposition_date1999-02-09
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE
关键词 keywords;AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE, ANTIBIOTIC RESISTANCE, ACETYL COENZYME A, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.95 Å
零角强度 I(0) i08867450.00
分子量 molecular_weight21377.0 kDa
排除体积 excluded_volume26494 ų
包络体积 envelope_volume30700 ų
水化壳体积 shell_volume15461 ų
包络直径 envelope_diameter58.1 Å
壳层 Rg shell_rg22.63 Å
包络 Rg envelope_rg17.29 Å
形状 Rg shape_rg16.97 Å
总 Rg total_rg17.84 Å
总原子数 total_atoms1503
残基数 n_residues181
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.1 Å
Rg (实空间) rg_real18.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real8.8670e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8867000.0000
解质量估计 total_estimate0.8947
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6 Å
偏度 Skewness skewness0.214
峰度 Kurtosis kurtosis-0.358
角度范围 angular_range— – 0.4400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1619000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.943
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1b87a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamilyd.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family familyd.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1b87A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)