SAXSdb — 1b8d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–164 链 K； UniProt 1–164	未记录	PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN)) × 6 （O36004） PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN)) × 3 PEB PHYCOERYTHROBILIN × 24 PUB PHYCOUROBILIN × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；700MM SODIUM ACETATE,5MM KCL,100MM IMIDAZOLE, PH 7.5 AT 17C	分辨率 1.90 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHEA_GRIMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 K； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))

物种未注明

UniProt O36004

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–177 链 L； UniProt 1–177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN)) × 6 （O36005） PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN)) × 3 PEB PHYCOERYTHROBILIN × 24 PUB PHYCOUROBILIN × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；700MM SODIUM ACETATE,5MM KCL,100MM IMIDAZOLE, PH 7.5 AT 17C	分辨率 1.90 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHEB_GRIMO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177 作者链 L； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b8d
沉积日期 deposition_date	1999-01-29
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A PHYCOUROBILIN-CONTAINING PHYCOERYTHRIN
关键词 keywords	LIGHT-HARVESTING COMPLEX, RED ALGAE, PHYCOBILIPROTEIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.26 Å
零角强度 I(0) i0	99904200.00
分子量 molecular_weight	78629.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98216 Å³
包络体积 envelope_volume	114930 Å³
水化壳体积 shell_volume	34059 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.41 Å
包络 Rg envelope_rg	28.28 Å
形状 Rg shape_rg	28.26 Å
总 Rg total_rg	28.91 Å
总原子数 total_atoms	6735
残基数 n_residues	685
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	99910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.391
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))
分子量 formula_weight	17687.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,K
原子数 atom_count	7734

MKSVITTTISAADAAGRFPSSSDLESIQGNIQRAAARLEAAQKLSGNHEAVVKEAGDACFAKYSYLKNAGEAGDSPEKINKCYRDIDHYMRLINYSLVVGGTGPVDEWGIAGSREVYRALNLPGSAYIAAFTFTRDRLCVPRDMSSQAGVEFTSALDYVINSLC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
分子量 formula_weight	18511.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

MLDAFSRVVVTSDAKAAYVGGSDLQSLKSFINDGNKRLDAVNYIVSNASCIVSDAVSGMICENPGLIAPGGNCYTNRRMAACLRDGEIILRYVSYALLAGDSSVLDDRCLNGLKETYIALGVPTASSSRAVSIMKATATAFITNTASGRKVEVAAGDCQALQAEAASYFDKVGSSID

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (GAMMA CHAIN))
分子量 formula_weight	656.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GYXXYX

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHYCOERYTHROBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHYCOUROBILIN
分子量 formula_weight	590.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1b8da_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b8db_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b8dk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d1b8dl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b8dA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b8dB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b8dK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

结构域编号 domain_id	1b8dL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phycocyanins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	187.350 Å
晶胞边长 b length_b	187.350 Å
晶胞边长 c length_c	59.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	0.2270

fit	/app/data/saxs_computation/b8/1b8d/1b8d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b8/1b8d/1b8d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b8/1b8d/1b8d.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A PHYCOUROBILIN-CONTAINING PHYCOERYTHRIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA CHAIN))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (RHODOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)