SAXSdb — 1b8o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 3 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PNPH_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b8o
沉积日期 deposition_date	1999-02-02
结构标题 title	PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
关键词 keywords	PENTOSYLTRANSFERASE, PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1b8o__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1b8o__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1b8o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.85 Å
Rg（电子密度）	27.82 Å
总 Rg	28.61 Å
原子数	6651
残基数	840
排除体积	117630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1b8o__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1b8o__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
分子量 formula_weight	31687.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2421

MQNGYTYEDYQDTAKWLLSHTEQRPQVAVICGSGLGGLVNKLTQAQTFDYSEIPNFPESTVPGHAGRLVFGILNGRACVMMQGRFHMYEGYPFWKVTFPVRVFRLLGVETLVVTNAAGGLNPNFEVGDIMLIRDHINLPGFSGENPLRGPNEERFGVRFPAMSDAYDRDMRQKAHSTWKQMGEQRELQEGTYVMLGGPNFETVAECRLLRNLGADAVGMSTVPEVIVARHCGLRVFGFSLITNKVIMDYESQGKANHEEVLEAGKQAAQKLEQFVSLLMASIPV

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1b8oa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1b8oA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

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晶胞边长 a length_a	92.683 Å
晶胞边长 b length_b	92.683 Å
晶胞边长 c length_c	92.683 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2320

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1b8o__assembly_2__model_1

1b8o__assembly_2__model_1 | I(q)

1b8o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1b8o__assembly_2__model_1

1b8o__assembly_2__model_1 | I(q)

1b8o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)