SAXSdb — 1bbt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)

Foot-and-mouth disease virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly（240）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4) × 60 （O90754）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4) × 1 （O90754）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4) × 5 （O90754）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4) × 6 （O90754）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4) × 1 （O90754）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4) × 5 （O90754）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BBT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FOD STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1993-10-27	当前字段一致	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 1 508–720（213 aa）链 2 70–287（218 aa）链 3 288–507（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1FOD STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1993-10-27	当前字段一致	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 508–720（213 aa）链 2 70–287（218 aa）链 3 288–507（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1FOD STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1993-10-27	当前字段一致	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 1 508–720（213 aa）链 2 70–287（218 aa）链 3 288–507（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1FOD STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1993-10-27	当前字段一致	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 1 508–720（213 aa）链 2 70–287（218 aa）链 3 288–507（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1FOD STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1993-10-27	当前字段一致	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 508–720（213 aa）链 2 70–287（218 aa）链 3 288–507（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1FOD STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1993-10-27	当前字段一致	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 1 508–720（213 aa）链 2 70–287（218 aa）链 3 288–507（220 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q84771_9PICO
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–213； UniProt 508–720 作者链 2； PDB构建体 1–218； UniProt 70–287 作者链 3； PDB构建体 1–220； UniProt 288–507

FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)

Foot-and-mouth disease virus

UniProt O90754

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly（240）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–85	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1) × 60 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2) × 60 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3) × 60 （Q84771）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–85	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1) × 1 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2) × 1 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3) × 1 （Q84771）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–85	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1) × 5 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2) × 5 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3) × 5 （Q84771）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–85	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1) × 6 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2) × 6 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3) × 6 （Q84771）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–85	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1) × 1 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2) × 1 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3) × 1 （Q84771）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 1–85	未记录	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1) × 5 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2) × 5 （Q84771） FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3) × 5 （Q84771）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O90754_9PICO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–85； UniProt 1–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bbt
沉积日期 deposition_date	1992-05-18
结构标题 title	METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
关键词 keywords	VIRUS, Icosahedral virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.55 Å
零角强度 I(0) i0	85964300.00
分子量 molecular_weight	72917.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91209 Å³
包络体积 envelope_volume	127380 Å³
水化壳体积 shell_volume	35356 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.64 Å
包络 Rg envelope_rg	31.36 Å
形状 Rg shape_rg	30.53 Å
总 Rg total_rg	31.21 Å
总原子数 total_atoms	5142
残基数 n_residues	662
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8871
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
分子量 formula_weight	23814.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	5142

TTSAGESADPVTTTVENYGGETQIQRRQHTDVSFIMDRFVKVTPQNQINILDLMQVPSHTLVGGLLRASTYYFSDLEIAVKHEGDLTWVPNGAPEKALDNTTNPTAYHKAPLTRLALPYTAPHRVLATVYNGECRYSRNAVPNLRGDLQVLAQKVARTLPTSFNYGAIKATRVTELLYRMKRAETYCPRPLLAIHPTEARHKQKIVAPVKQTL

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
分子量 formula_weight	24373.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

DKKTEETTLLEDRILTTRNGHTTSTTQSSVGVTYGYATAEDFVSGPNTSGLETRVVQAERFFKTHLFDWVTSDSFGRCHLLELPTDHKGVYGSLTDSYAYMRNGWDVEVTAVGNQFNGGCLLVAMVPELCSIQKRELYQLTLFPHQFINPRTNMTAHITVPFVGVNRYDQYKVHKPWTLVVMVVAPLTVNTEGAPQIKVYANIAPTNVHVAGEFPSKE

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
分子量 formula_weight	23860.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GIFPVACSDGYGGLVTTDPKTADPVYGKVFNPPRNQLPGRFTNLLDVAEACPTFLRFEGGVPYVTTKTDSDRVLAQFDMSLAAKHMSNTFLAGLAQYYTQYSGTINLHFMFTGPTDAKARYMVAYAPPGMEPPKTPEAAAHCIHAEWDTGLNSKFTFSIPYLSAADYTYTASDVAETTNVQGWVCLFQITHGKADGDALVVLASAGKDFELRLPVDARAE

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)
分子量 formula_weight	8778.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAGQSSPATGSQNQSGNTGSIINNYYMQQYQNSMDTQLGNDAISGGSNEGSTDTTSTHTTNTQNNDWFSKLASSAFSGLFGALLA

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12110

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1bbt.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1bbt1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1bbt3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bbt100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1bbt200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1bbt300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1bbt400
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	90 — Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus

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8. 引用文献 (9)

Methods used in the structure determination of foot-and-mouth disease virus.

Acta Crystallogr.,Sect.A (1993)

PMID: 8382928 · DOI: 10.1107/S0108767392005737 PRIMARY

The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus

New Aspects of Positive-Strand RNA Viruses (1990)

Architecture and Topography of an Aphthovirus

Semin.Virol. (1990)

Structural and Serological Evidence for a Novel Mechanism of Antigenic Variation in Foot-and-Mouth Disease Virus

Nature (1990)

Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus

Use of X-Ray Crystallography in the Design of Antiviral Agents (1990)

The Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus: Implications for its Physical and Biological Properties

Vet.Microbiol. (1990)

The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus at 2.9 Angstroms Resolution

Nature (1989)

Implications of the Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus for its Antigenicity and Cell Attachment

Vaccines 89: Modern Approaches to New Vaccines Including Prevention of Aids (1989)

Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Foot-and-Mouth Disease Virus

J.Mol.Biol. (1987)

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晶胞边长 a length_a	345.000 Å
晶胞边长 b length_b	345.000 Å
晶胞边长 c length_c	345.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bb/1bbt/1bbt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bb/1bbt/1bbt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bb/1bbt/1bbt.dat

METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (9)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)