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1bcm

BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE CORE DOMAIN WITH 2 MONOMERS PER ASYMMETRIC UNIT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE

Enterobacteria phage Mu

UniProt P07636

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 248–574 链 B； UniProt 248–574 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BCM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BCO BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE CORE DOMAIN 提交 1995-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 248–574（327 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.260
1TNS A NOVEL CLASS OF WINGED HELIX-TURN-HELIX PROTEIN: THE DNA-BINDING DOMAIN OF MU TRANSPOSASE 提交 1994-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TNT A NOVEL CLASS OF WINGED HELIX-TURN-HELIX PROTEIN: THE DNA-BINDING DOMAIN OF MU TRANSPOSASE 提交 1994-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2EZH SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IGAMMA SUBDOMAIN OF THE MU END DNA BINDING DOMAIN OF MU PHAGE TRANSPOSASE, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 174–247（74 aa） 片段：IGAMMA SUBDOMAIN, RESIDUES 174 - 247
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；303 K
分辨率未提供
2EZI SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IGAMMA SUBDOMAIN OF THE MU END DNA BINDING DOMAIN OF MU PHAGE TRANSPOSASE, 30 STRUCTURES 提交 1997-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 174–247（74 aa） 片段：IGAMMA SUBDOMAIN, RESIDUES 174 - 247
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；303 K
分辨率未提供
2EZK SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IBETA SUBDOMAIN OF THE MU END DNA BINDING DOMAIN OF PHAGE MU TRANSPOSASE, REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 1997-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–174（98 aa） 片段：IBETA SUBDOMAIN, RESIDUES 77 - 174
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；303 K
分辨率未提供
2EZL SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IBETA SUBDOMAIN OF THE MU END DNA BINDING DOMAIN OF PHAGE MU TRANSPOSASE, 29 STRUCTURES 提交 1997-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–174（98 aa） 片段：IBETA SUBDOMAIN, RESIDUES 77 - 174
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；303 K
分辨率未提供
4FCY Crystal structure of the bacteriophage Mu transpososome 提交 2012-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 77–605（529 aa） 片段：UNP residues 77-605
链 B 77–605（529 aa） 片段：UNP residues 77-605
突变：M521L, N525L 突变：M521L, N525L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；24-28% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.71 Å R-free 0.437
4FCY Crystal structure of the bacteriophage Mu transpososome 提交 2012-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：eicosameric
链 A 77–605（529 aa） 片段：UNP residues 77-605
链 B 77–605（529 aa） 片段：UNP residues 77-605
突变：M521L, N525L 突变：M521L, N525L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；24-28% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.71 Å R-free 0.437

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRA_BPMU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 248–574 作者链 B； PDB构建体 1–327； UniProt 248–574

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bcm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bcm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bcm
沉积日期 deposition_date1995-05-26
结构标题 titleBACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE CORE DOMAIN WITH 2 MONOMERS PER ASYMMETRIC UNIT
关键词 keywordsPOLYNUCLEOTIDYL TRANSFERASE, DNA BINDING, ENDONUCLEASE, INTEGRASE, TRANSPOSASE; TRANSPOSASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.37 Å
零角强度 I(0) i073844400.00
分子量 molecular_weight67466.0 kDa
排除体积 excluded_volume84519 ų
包络体积 envelope_volume104840 ų
水化壳体积 shell_volume32402 ų
包络直径 envelope_diameter98.0 Å
壳层 Rg shell_rg34.04 Å
包络 Rg envelope_rg27.40 Å
形状 Rg shape_rg27.37 Å
总 Rg total_rg28.05 Å
总原子数 total_atoms5815
残基数 n_residues607
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.0 Å
Rg (实空间) rg_real28.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real7.3840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8835
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.9 Å
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.235
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha17780000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.941
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1bcma1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.48 — mu transposase, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyb.48.1 — mu transposase, C-terminal domain
家族 Family familyb.48.1.1 — mu transposase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1bcma2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.3 — mu transposase, core domain
结构域编号 domain_idd1bcmb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.48 — mu transposase, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyb.48.1 — mu transposase, C-terminal domain
家族 Family familyb.48.1.1 — mu transposase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1bcmb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.3 — mu transposase, core domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1bcmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1bcmA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Transposase, Mu, C-terminal
结构域编号 domain_id1bcmB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1bcmB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Transposase, Mu, C-terminal
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)