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1bdu

E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DURD

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THYMIDYLATE SYNTHASE

Escherichia coli

UniProt P00470

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–264 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 DUR 2'-DEOXYURIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop 分辨率 2.10 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BDU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1TJS E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-06-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–264（264 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.20 Å R-free 0.253
1TLC THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DGMP AND FOLATE ANALOG 1843U89 提交 1995-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–264（264 aa）
链 B 1–264（264 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 F89 S)-2-(5(((1,2-DIHYDRO-3-METHYL-1-OXOBENZO(F)QUINAZOLIN-9-YL)METHYL)AMINO)1-OXO-2-ISOINDOLINYL)GLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1TLS THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH FDUMP AND METHYLENETETRAHYDROFOLATE 提交 1996-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–264（263 aa）
链 B 2–264（263 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION FROM A SOLUTION OF 8MG/ML PROTEIN, 2MM FDUMP, 10MM CH2THF, 20MM PHOSPHATE PH 7.5, 4MM DTT, AND 1.05M AMMONIUM SULFATE; EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION OF 2.10M AMMONIUM SULFATE, 20MM PHOSPHATE PH 7.5, AND 4MM DTT., vapor diffusion
分辨率 2.60 Å
1TSD THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEX WITH 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) AND FOLATE ANALOG 1843U89 提交 1995-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–264（264 aa）
链 B 1–264（264 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 F89 S)-2-(5(((1,2-DIHYDRO-3-METHYL-1-OXOBENZO(F)QUINAZOLIN-9-YL)METHYL)AMINO)1-OXO-2-ISOINDOLINYL)GLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å
1TSN THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH FDUMP AND METHYLENETETRAHYDROFOLATE 提交 1996-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–264（263 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION FROM A SOLUTION OF 8MG/ML PROTEIN, 2MM FDUMP, 10MM CH2THF, 20MM PHOSPHATE PH 8.0, 4MM DTT, AND 1.05M AMMONIUM SULFATE; EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION OF 2.10M AMMONIUM SULFATE, 20MM PHOSPHATE PH 8.0, AND 4MM DTT., vapor diffusion
分辨率 2.20 Å
1TYS WATER-MEDIATED SUBSTRATE(SLASH)PRODUCT DISCRIMINATION: THE PRODUCT COMPLEX OF THYMIDYLATE SYNTHASE AT 1.83 ANGSTROMS 提交 1993-05-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–264（264 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 DHF DIHYDROFOLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TYSY_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–265； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bdu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bdu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bdu
沉积日期 deposition_date1997-06-27
结构标题 titleE. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DURD
关键词 keywordsTRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE), SUBSTRATE MODULES, METHYLTRANSFERASE; METHYLTRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.33 Å
零角强度 I(0) i016846800.00
分子量 molecular_weight30839.0 kDa
排除体积 excluded_volume38435 ų
包络体积 envelope_volume44690 ų
水化壳体积 shell_volume20087 ų
包络直径 envelope_diameter59.6 Å
壳层 Rg shell_rg24.87 Å
包络 Rg envelope_rg18.50 Å
形状 Rg shape_rg18.32 Å
总 Rg total_rg19.28 Å
总原子数 total_atoms2174
残基数 n_residues264
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.9 Å
Rg (实空间) rg_real19.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16850000.0000
解质量估计 total_estimate0.9059
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.0 Å
偏度 Skewness skewness0.067
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2889000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bdua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamilyd.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family familyd.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bduA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)