SAXSdb — 1bf6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–292	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BF6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4LEF Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–292（292 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208

共 1 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–291； UniProt 2–292 作者链 B； PDB构建体 1–291； UniProt 2–292

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bf6
沉积日期 deposition_date	1998-05-27
结构标题 title	PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI
关键词 keywords	PHOSPHOTRIESTERASE, HYPOTHETICAL PROTEIN; PHOSPHOTRIESTERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.84 Å
零角强度 I(0) i0	74843900.00
分子量 molecular_weight	66191.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81805 Å³
包络体积 envelope_volume	96122 Å³
水化壳体积 shell_volume	27675 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.74 Å
包络 Rg envelope_rg	29.85 Å
形状 Rg shape_rg	29.86 Å
总 Rg total_rg	30.25 Å
总原子数 total_atoms	4623
残基数 n_residues	582
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8222
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.746
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.725; Smooth: 0.898

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN
分子量 formula_weight	32820.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4911

SFDPTGYTLAHEHLHIDLSGFKNNVDCRLDQYAFICQEMNDLMTRGVRNVIEMTNRYMGRNAQFMLDVMRETGINVVACTGYYQDAFFPEHVATRSVQELAQEMVDEIEQGIDGTELKAGIIAEIGTSEGKITPLEEKVFIAAALAHNQTGRPISTHTSFSTMGLEQLALLQAHGVDLSRVTVGHCDLKDNLDNILKMIDLGAYVQFDTIGKNSYYPDEKRIAMLHALRDRGLLNRVMLSMDITRRSHLKANGGYGYDYLLTTFIPQLRQSGFSQADVDVMLRENPSQFFQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	288

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bf6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.3 — Phosphotriesterase-like

结构域编号 domain_id	d1bf6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.3 — Phosphotriesterase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1bf6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	1bf6B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	42.070 Å
晶胞边长 b length_b	80.800 Å
晶胞边长 c length_c	98.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/bf/1bf6/1bf6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bf/1bf6/1bf6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bf/1bf6/1bf6.dat

PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI