1bg3

RAT BRAIN HEXOKINASE TYPE I COMPLEX WITH GLUCOSE AND INHIBITOR GLUCOSE-6-PHOSPHATE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 141.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEXOKINASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–918	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 2 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.251
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–918	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 2 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HXK1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–918； UniProt 1–918 作者链 B； PDB构建体 1–918； UniProt 1–918

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bg3
沉积日期 deposition_date	1998-06-04
结构标题 title	RAT BRAIN HEXOKINASE TYPE I COMPLEX WITH GLUCOSE AND INHIBITOR GLUCOSE-6-PHOSPHATE
关键词 keywords	HEXOKINASE, PHOSPHOTRANSFERASE; HEXOKINASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.91 Å
零角强度 I(0) i0	582102000.00
分子量 molecular_weight	196210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	244720 Å³
包络体积 envelope_volume	319660 Å³
水化壳体积 shell_volume	62995 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.3 Å
壳层 Rg shell_rg	48.05 Å
包络 Rg envelope_rg	41.05 Å
形状 Rg shape_rg	41.92 Å
总 Rg total_rg	42.17 Å
总原子数 total_atoms	13728
残基数 n_residues	1804
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	582100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8216
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEXOKINASE
分子量 formula_weight	102545.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13962

MIAAQLLAYYFTELKDDQVKKIDKYLYAMRLSDEILIDILTRFKKEMKNGLSRDYNPTASVKMLPTFVRSIPDGSEKGDFIALDLGGSSFRILRVQVNHEKNQNVSMESEIYDTPENIVHGSGTQLFDHVADCLGDFMEKKKIKDKKLPVGFTFSFPCRQSKIDEAVLITWTKRFKASGVEGADVVKLLNKAIKKRGDYDANIVAVVNDTVGTMMTCGYDDQQCEVGLIIGTGTNACYMEELRHIDLVEGDEGRMCINTEWGAFGDDGSLEDIRTEFDRELDRGSLNPGKQLFEKMVSGMYMGELVRLILVKMAKEGLLFEGRITPELLTRGKFNTSDVSAIEKDKEGIQNAKEILTRLGVEPSDVDCVSVQHICTIVSFRSANLVAATLGAILNRLRDNKGTPRLRTTVGVDGSLYKMHPQYSRRFHKTLRRLVPDSDVRFLLSESGTGKGAAMVTAVAYRLAEQHRQIEETLAHFRLSKQTLMEVKKRLRTEMEMGLRKETNSKATVKMLPSFVRSIPDGTEHGDFLALDLGGTNFRVLLVKIRSGKKRTVEMHNKIYSIPLEIMQGTGDELFDHIVSCISDFLDYMGIKGPRMPLGFTFSFPCHQTNLDCGILISWTKGFKATDCEGHDVASLLRDAVKRREEFDLDVVAVVNDTVGTMMTCAYEEPTCEIGLIVGTGTNACYMEEMKNVEMVEGNQGQMCINMEWGAFGDNGCLDDIRTDFDKVVDEYSLNSGKQRFEKMISGMYLGEIVRNILIDFTKKGFLFRGQISEPLKTRGIFETKFLSQIESDRLALLQVRAILQQLGLNSTCDDSILVKTVCGVVSKRAAQLCGAGMAAVVEKIRENRGLDHLNVTVGVDGTLYKLHPHFSRIMHQTVKELSPKCTVSFLLSEDGSGKGAALITAVGVRLRGDPSIA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	260.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1bg3a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3a3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3a4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3b3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

结构域编号 domain_id	d1bg3b4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.3 — Hexokinase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1bg3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1bg3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	367 — Hexokinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1bg3A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1bg3A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	367 — Hexokinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1bg3B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1bg3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	367 — Hexokinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1bg3B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1bg3B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	367 — Hexokinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	132.100 Å
晶胞边长 b length_b	77.100 Å
晶胞边长 c length_c	137.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/bg/1bg3/1bg3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bg/1bg3/1bg3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bg/1bg3/1bg3.dat