1bg7

LOCALIZED UNFOLDING AT THE JUNCTION OF THREE FERRITIN SUBUNITS. A MECHANISM FOR IRON RELEASE?

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FERRITIN

Rana catesbeiana

UniProt P07229

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–176 突变:K82Q, L134P CA CALCIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.6;pH 4.6 分辨率 1.85 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRI1_RANCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–176; UniProt 1–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bg7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bg7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bg7
沉积日期 deposition_date1998-06-05
结构标题 titleLOCALIZED UNFOLDING AT THE JUNCTION OF THREE FERRITIN SUBUNITS. A MECHANISM FOR IRON RELEASE?
关键词 keywordsFERRITIN, IRON STORAGE; IRON STORAGE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.99
零角强度 I(0) i06297380.00
分子量 molecular_weight17608.0 kDa
排除体积 excluded_volume21769 ų
包络体积 envelope_volume26408 ų
水化壳体积 shell_volume13452 ų
包络直径 envelope_diameter69.0
壳层 Rg shell_rg22.82
包络 Rg envelope_rg18.55
形状 Rg shape_rg17.97
总 Rg total_rg18.88
总原子数 total_atoms1235
残基数 n_residues153
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.2
Rg (实空间) rg_real19.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real6.2970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6450e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6297000.0000
解质量估计 total_estimate0.7773
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.8
偏度 Skewness skewness0.623
峰度 Kurtosis kurtosis0.001
角度范围 angular_range— – 0.4200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1191000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.511; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.569; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bg7a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bg7A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)