1bk4

CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT LIVER FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE)

物种未注明

UniProt P00637

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–337 未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;10-15% PEG 4000, 50-200 MM A.S. IN 25 MM TRIS, pH 7.4 分辨率 2.30 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–337 未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;10-15% PEG 4000, 50-200 MM A.S. IN 25 MM TRIS, pH 7.4 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F16P_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–337; UniProt 1–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bk4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bk4
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bk4
沉积日期 deposition_date1998-07-14
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT LIVER FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION
关键词 keywordsBISPHOSPHATASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.72
零角强度 I(0) i019948500.00
分子量 molecular_weight34352.0 kDa
排除体积 excluded_volume43258 ų
包络体积 envelope_volume50313 ų
水化壳体积 shell_volume21286 ų
包络直径 envelope_diameter71.8
壳层 Rg shell_rg26.33
包络 Rg envelope_rg20.10
形状 Rg shape_rg19.73
总 Rg total_rg20.61
总原子数 total_atoms2404
残基数 n_residues314
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.8
Rg (实空间) rg_real20.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real1.9950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19950000.0000
解质量估计 total_estimate0.8570
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.3
偏度 Skewness skewness0.287
峰度 Kurtosis kurtosis-0.304
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5130000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bk4a_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bk4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1bk4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)