1bk8

DETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF AESCULUS HIPPOCASTANUM ANTIMICROBIAL PROTEIN 1 (AH-AMP1) BY 1H NMR, 25 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 28.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIMICROBIAL PROTEIN 1

物种未注明

UniProt Q7M1F3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–50 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4.1;292.5 K;压力 1 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7M1F3_AESHI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–50; UniProt 1–50

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bk8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bk8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bk8
沉积日期 deposition_date1998-07-15
结构标题 titleDETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF AESCULUS HIPPOCASTANUM ANTIMICROBIAL PROTEIN 1 (AH-AMP1) BY 1H NMR, 25 STRUCTURES
关键词 keywordsPLANT DEFENSIN, ANTIMICROBIAL, CYSTEINE-STABILIZED ALFA/ BETA MOTIF; PLANT DEFENSIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier9.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.04
零角强度 I(0) i0410426000.00
分子量 molecular_weight146610.0 kDa
排除体积 excluded_volume172560 ų
包络体积 envelope_volume10005 ų
水化壳体积 shell_volume8031 ų
包络直径 envelope_diameter36.7
壳层 Rg shell_rg16.32
包络 Rg envelope_rg11.42
形状 Rg shape_rg10.04
总 Rg total_rg10.13
总原子数 total_atoms18725
残基数 n_residues1250
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax28.2
Rg (实空间) rg_real9.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real4.1040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal9.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal410400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8407
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary12.1
偏度 Skewness skewness0.298
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha57180.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bk8a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family familyg.3.7.5 — Plant defensins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bk8A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Knottin, scorpion toxin-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)