SAXSdb — 1bkb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSLATION INITIATION FACTOR 5A

Pyrobaculum aerophilum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–136	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；281 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 8 DEGREES IN 50MM HEPES PH 7.5, 6-8% PEG 4000, 5MM BETA- MERCAPTOETHANOL, temperature 281K	分辨率 1.75 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF5A_PYRAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bkb
沉积日期 deposition_date	1998-07-05
结构标题 title	INITIATION FACTOR 5A FROM ARCHEBACTERIUM PYROBACULUM AEROPHILUM
关键词 keywords	TRANSLATION INITIATION FACTOR, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.78 Å
零角强度 I(0) i0	4418510.00
分子量 molecular_weight	15316.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19274 Å³
包络体积 envelope_volume	23006 Å³
水化壳体积 shell_volume	12121 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.9 Å
壳层 Rg shell_rg	21.83 Å
包络 Rg envelope_rg	18.18 Å
形状 Rg shape_rg	17.74 Å
总 Rg total_rg	18.67 Å
总原子数 total_atoms	1062
残基数 n_residues	132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4190e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7960e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4418000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7672
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.618
峰度 Kurtosis kurtosis	0.141
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	957300.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.502; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.509; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bkba1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.5 — Translation proteins SH3-like domain
家族 Family family	b.34.5.2 — eIF5a N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1bkba2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1bkbA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1bkbA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.130 Å
晶胞边长 b length_b	114.130 Å
晶胞边长 c length_c	32.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2360

描述 description	TRANSLATION INITIATION FACTOR 5A
分子量 formula_weight	15334.2 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1234

INITIATION FACTOR 5A FROM ARCHEBACTERIUM PYROBACULUM AEROPHILUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSLATION INITIATION FACTOR 5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Pyrobaculum aerophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

fit	/app/data/saxs_computation/bk/1bkb/1bkb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/1bkb/1bkb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/1bkb/1bkb.dat