SAXSdb — 1bkv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 3 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：trimeric	实体 1：T3-785 × 3 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACY ACETIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bkv
沉积日期 deposition_date	1998-07-13
结构标题 title	COLLAGEN
关键词 keywords	COLLAGEN, HYDROXYPROLINE, HYDROGEN BONDING, TRIPLE HELIX, TYPE III COLLAGEN, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.64 Å
零角强度 I(0) i0	1444280.00
分子量 molecular_weight	8252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10247 Å³
包络体积 envelope_volume	13388 Å³
水化壳体积 shell_volume	6647 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.60 Å
包络 Rg envelope_rg	25.54 Å
形状 Rg shape_rg	24.66 Å
总 Rg total_rg	24.40 Å
总原子数 total_atoms	581
残基数 n_residues	68
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4440e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4000e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1444000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6187
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	10.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.716
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.246
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35560.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.015; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.002; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1bkva1
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.3 — Collagen-like peptides
超家族 Superfamily superfamily	k.3.1 — Collagen-like peptides
家族 Family family	k.3.1.1 — Collagen-like peptides

结构域编号 domain_id	d1bkva2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1bkva3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1bkvb1
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.3 — Collagen-like peptides
超家族 Superfamily superfamily	k.3.1 — Collagen-like peptides
家族 Family family	k.3.1.1 — Collagen-like peptides

结构域编号 domain_id	d1bkvb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1bkvb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1bkvc1
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.3 — Collagen-like peptides
超家族 Superfamily superfamily	k.3.1 — Collagen-like peptides
家族 Family family	k.3.1.1 — Collagen-like peptides

结构域编号 domain_id	d1bkvc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1bkvc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.090 Å
晶胞边长 b length_b	15.629 Å
晶胞边长 c length_c	39.715 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2770

描述 description	T3-785
分子量 formula_weight	2686.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	692

COLLAGEN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

fit	/app/data/saxs_computation/bk/1bkv/1bkv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/1bkv/1bkv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/1bkv/1bkv.dat