SAXSdb — 1bm2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：PROTEIN (GROWTH FACTOR RECEPTOR BOUND PROTEIN 2) × 1 实体 2：PROTEIN (PKF273-791) × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	实体 1片段：SH2 DOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PROTEIN (15MG/ML IN 100MM SODIUM CHLORIDE, 0.02% SODIUM AZIDE) WAS CRYSTALLIZED FROM 30% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM HEPES PH 7.0, IN PRESENCE OF A 2-FOLD EXCESS OF LIGAND	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 4 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：tetrameric	实体 1：PROTEIN (GROWTH FACTOR RECEPTOR BOUND PROTEIN 2) × 2 实体 2：PROTEIN (PKF273-791) × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	实体 1片段：SH2 DOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PROTEIN (15MG/ML IN 100MM SODIUM CHLORIDE, 0.02% SODIUM AZIDE) WAS CRYSTALLIZED FROM 30% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM HEPES PH 7.0, IN PRESENCE OF A 2-FOLD EXCESS OF LIGAND	分辨率 2.10 Å R-free 0.232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bm2
沉积日期 deposition_date	1998-07-27
结构标题 title	GRB2-SH2 DOMAIN IN COMPLEX WITH CYCLO-[N-ALPHA-ACETYL-L-THI ALYSYL-O-PHOSPHOTYROSYL-VALYL-ASPARAGYL-VALYL-PROLYL] (PKF273-791)
关键词 keywords	SH2 DOMAIN, SIGNAL TRANSDUCTION, ADAPTOR PROTEIN, RAS PATHWAY, CYCLIC PEPTIDE, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.89 Å
零角强度 I(0) i0	2975640.00
分子量 molecular_weight	12029.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15045 Å³
包络体积 envelope_volume	16848 Å³
水化壳体积 shell_volume	11107 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.3 Å
壳层 Rg shell_rg	18.72 Å
包络 Rg envelope_rg	13.30 Å
形状 Rg shape_rg	12.84 Å
总 Rg total_rg	14.33 Å
总原子数 total_atoms	851
残基数 n_residues	102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9760e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3600e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2976000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8673
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.274
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	655600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.762; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GROWTH FACTOR RECEPTOR BOUND PROTEIN 2)
分子量 formula_weight	13577.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	945

GSPKNYIEMKPHPWFFGKIPRAKAEEMLSKQRHDGAFLIRESESAPGDFSLSVKFGNDVQHFKVLRDGAGKYFLWVVKFNSLNELVDYHRSTSVSRNQQIFLRDIEQVPQQPTYVQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (PKF273-791)
分子量 formula_weight	842.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XKYVNVP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bm2a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bm2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.780 Å
晶胞边长 b length_b	83.780 Å
晶胞边长 c length_c	31.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/bm/1bm2/1bm2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bm/1bm2/1bm2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bm/1bm2/1bm2.dat

GRB2-SH2 DOMAIN IN COMPLEX WITH CYCLO-[N-ALPHA-ACETYL-L-THI ALYSYL-O-PHOSPHOTYROSYL-VALYL-ASPARAGYL-VALYL-PROLYL] (PKF273-791)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)