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1bmv

PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ICOSAHEDRAL VIRUS - A DOMAIN)

Bean pod mottle virus

UniProt P23009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 120 RNA 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly（180） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 821–1018 链 2； UniProt 447–820 未记录 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 60 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
2 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 821–1018 链 2； UniProt 447–820 未记录 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 10 RNA 5 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 821–1018 链 2； UniProt 447–820 未记录 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
4 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 12 RNA 6 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 821–1018 链 2； UniProt 447–820 未记录 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
5 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 821–1018 链 2； UniProt 447–820 未记录 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
6 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 60 RNA 30 PDB 声明：90-meric（90） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 821–1018 链 2； UniProt 447–820 未记录 ;RNA (5'-R(*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*C)-3') ; × 30 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BMV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PGL BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：180-MERIC
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 447–816（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å
1PGL BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 447–816（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å
1PGL BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：pentadecameric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 447–816（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å
1PGL BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：octadecameric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 447–816（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å
1PGL BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 447–816（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å
1PGL BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：90-meric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 447–816（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-MERIC
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 466–816（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 466–816（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 466–816（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 466–816（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 466–816（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 1 821–1005（185 aa）
链 2 466–816（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
分辨率 2.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGNM_BPMV
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–185； UniProt 821–1018 作者链 2； PDB构建体 1–374； UniProt 447–820

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bmv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bmv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bmv
沉积日期 deposition_date1989-10-09
结构标题 titlePROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsPROTEIN-RNA COMPLEX, SINGLE STRAND, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.36 Å
零角强度 I(0) i074024500.00
分子量 molecular_weight65379.0 kDa
排除体积 excluded_volume80896 ų
包络体积 envelope_volume104410 ų
水化壳体积 shell_volume32214 ų
包络直径 envelope_diameter111.7 Å
壳层 Rg shell_rg34.17 Å
包络 Rg envelope_rg28.54 Å
形状 Rg shape_rg27.36 Å
总 Rg total_rg28.02 Å
总原子数 total_atoms4570
残基数 n_residues570
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.2 Å
Rg (实空间) rg_real28.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real7.4020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74020000.0000
解质量估计 total_estimate0.8120
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.6 Å
偏度 Skewness skewness0.492
峰度 Kurtosis kurtosis-0.027
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13790000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.588; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.790; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1bmv11
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.2 — Comoviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1bmv21
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.2 — Comoviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1bmv22
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.2 — Comoviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bmv100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1bmv200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)