SAXSdb — 1bmw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLLEN ALLERGEN PHL P2

Phleum pratense

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–122	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM PHOSPHATE BUFFER；压力 1 NMR样品组成：H2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BMW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WHO ALLERGEN PHL P 2 提交 1997-04-04	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–122（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALLIZED FROM 24% PEG 4000 SOLUTION., pH 4.6	分辨率 1.90 Å
1WHP ALLERGEN PHL P 2 提交 1997-04-04	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–122（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALLIZED FROM 24% PEG 4000 SOLUTION., pH 4.6	分辨率 3.00 Å
2VXQ Crystal structure of the major grass pollen allergen Phl p 2 in complex with its specific IgE-Fab 提交 2008-07-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 27–122（96 aa）片段：RESIDUES 27-122	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；HANGING DROP DIFFUSION, 1 MICROL PROTEIN (IN 30 MM HEPES, 0.15 M NACL PH 6.8) MIXED WITH 1 MICROL RESERVOIR (20% PEG 3350, 0.2 M NAF)	分辨率 1.90 Å R-free 0.226

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPAP2_PHLPR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–96； UniProt 27–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bmw
沉积日期 deposition_date	1998-07-27
结构标题 title	A fibronectin type III fold in plant allergens: The solution structure of Phl PII from timothy grass pollen, NMR, 38 STRUCTURES
关键词 keywords	ALLERGEN, ALLERGY, IMMUNOGLOBULINS, IMMUNOLOGY; ALLERGEN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.62 Å
零角强度 I(0) i0	2125050000.00
分子量 molecular_weight	400290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	502200 Å³
包络体积 envelope_volume	30247 Å³
水化壳体积 shell_volume	16063 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.94 Å
包络 Rg envelope_rg	15.68 Å
形状 Rg shape_rg	12.56 Å
总 Rg total_rg	12.96 Å
总原子数 total_atoms	55442
残基数 n_residues	3572
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	43.5 Å
Rg (实空间) rg_real	12.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2125000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	382100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bmwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.3 — PHL pollen allergen
家族 Family family	b.7.3.1 — PHL pollen allergen

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bmwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	760 — Expansin, cellulose-binding-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	POLLEN ALLERGEN PHL P2
分子量 formula_weight	10828.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	55442

来源生物 organism	Phleum pratense
通用名 common_name	timothy grass
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	15957
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

A fibronectin type III fold in plant allergens: The solution structure of Phl PII from timothy grass pollen, NMR, 38 STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLLEN ALLERGEN PHL P2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/bm/1bmw/1bmw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bm/1bmw/1bmw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bm/1bmw/1bmw.dat