SAXSdb — 1bn8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PECTATE LYASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–420	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；TYPE II CRYSTALS: 35 - 45 % 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL 50 MM MOPS / 50 MM ETHANOLAMINE PH IN THE RANGE 6.50 TO 8.75	分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BN8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BSP BACILLUS SUBTILIS PECTATE LYASE R279K MUTANT 提交 1998-07-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）	突变：R279K	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30 % PEG 4000 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M SODIUM ACETATE AT PH 4.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
2NZM Hexasaccharide I bound to Bacillus subtilis pectate lyase 提交 2006-11-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：R279A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium citrate, 0.2M Ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.185
2O04 Pectate lyase bound to hexasaccharide compound II 提交 2006-11-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：R279A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.201
2O0V Pectate lyase bound to hexasaccharide compound III 提交 2006-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：R279A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
2O0W Pectate lyase bound to hexasaccharide compound IV 提交 2006-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：R279A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
2O17 Pectate lyase bound to hexasaccharide 提交 2006-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：R279A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.223
2O1D Pectate lyase bound to trisaccharide 提交 2006-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：R279A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.199
3KRG Structural insights into substrate specificity and the anti beta-elimination mechanism of pectate lyase 提交 2009-11-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	突变：D173A,N180A,K247A	CO COBALT (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 50% PEG, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
5AMV Structural insights into the loss of catalytic competence in pectate lyase at low pH 提交 2015-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；19% PEG 4K, 0.1M SODIUM ACETATE PH4, 0.2M AMMONIUM ACETATE	分辨率 1.57 Å R-free 0.193
5X2I Polygalacturonate Lyase by Fusing with a Self-assembling Amphipathic Peptide 提交 2017-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–420（399 aa）片段：UNP residues 22-420	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium bromide, 20 mM Glycine-NaOH, 20 % polyethylene glycol 3350, 7 mM calcium chloride, 20 % glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.200

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEL_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–420； UniProt 22–420

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bn8
沉积日期 deposition_date	1998-07-31
结构标题 title	BACILLUS SUBTILIS PECTATE LYASE
关键词 keywords	PARALLEL BETA-HELIX, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.77 Å
零角强度 I(0) i0	34849800.00
分子量 molecular_weight	43438.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53351 Å³
包络体积 envelope_volume	61031 Å³
水化壳体积 shell_volume	24100 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.90 Å
包络 Rg envelope_rg	21.01 Å
形状 Rg shape_rg	20.75 Å
总 Rg total_rg	21.63 Å
总原子数 total_atoms	3067
残基数 n_residues	399
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9083
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5579000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PECTATE LYASE)
分子量 formula_weight	45547.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3276

MKKVMLATALFLGLTPAGANAADLGHQTLGSNDGWGAYSTGTTGGSKASSSNVYTVSNRNQLVSALGKETNTTPKIIYIKGTIDMNVDDNLKPLGLNDYKDPEYDLDKYLKAYDPSTWGKKEPSGTQEEARARSQKNQKARVMVDIPANTTIVGSGTNAKVVGGNFQIKSDNVIIRNIEFQDAYDYFPQWDPTDGSSGNWNSQYDNITINGGTHIWIDHCTFNDGSRPDSTSPKYYGRKYQHHDGQTDASNGANYITMSYNYYHDHDKSSIFGSSDSKTSDDGKLKITLHHNRYKNIVQRAPRVRFGQVHVYNNYYEGSTSSSSYPFSYAWGIGKSSKIYAQNNVIDVPGLSAAKTISVFSGGTALYDSGTLLNGTQINASAANGLSSSVGWTPSLHGSIDASANVKSNVINQAGAGKLN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bn8a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.1 — Pectate lyase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bn8A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.900 Å
晶胞边长 b length_b	89.000 Å
晶胞边长 c length_c	50.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bn/1bn8/1bn8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bn/1bn8/1bn8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bn/1bn8/1bn8.dat

BACILLUS SUBTILIS PECTATE LYASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PECTATE LYASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction