SAXSdb — 1bnz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-BINDING PROTEIN 7A

Sulfolobus acidocaldarius

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–63	未记录	5'-D(GPTPAPAPTPTPAPC)-3' × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DN71_SULSOX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–64； UniProt 1–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bnz
沉积日期 deposition_date	1998-07-31
结构标题 title	SSO7D HYPERTHERMOPHILE PROTEIN/DNA COMPLEX
关键词 keywords	PROTEIN-DNA INTERACTION, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.17 Å
零角强度 I(0) i0	4268940.00
分子量 molecular_weight	12115.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14038 Å³
包络体积 envelope_volume	16430 Å³
水化壳体积 shell_volume	10799 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.2 Å
壳层 Rg shell_rg	18.67 Å
包络 Rg envelope_rg	13.48 Å
形状 Rg shape_rg	13.09 Å
总 Rg total_rg	14.38 Å
总原子数 total_atoms	994
残基数 n_residues	80
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.1 Å
Rg (实空间) rg_real	14.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2690e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6060e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4269000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8824
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.158
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	465800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPTPAPAPTPTPAPC)-3'
分子量 formula_weight	2425.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,C
原子数 atom_count	1093

GTAATTAC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-BINDING PROTEIN 7A
分子量 formula_weight	7295.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MATVKFKYKGEEKEVDISKIKKVWRVGKMISFTYDEGGGKTGRGAVSEKDAPKELLQMLEKQKK

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus acidocaldarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2285

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bnza_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bnzA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.600 Å
晶胞边长 b length_b	50.770 Å
晶胞边长 c length_c	42.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1680
R_work r_work	0.1680
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/bn/1bnz/1bnz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bn/1bnz/1bnz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bn/1bnz/1bnz.dat

SSO7D HYPERTHERMOPHILE PROTEIN/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-BINDING PROTEIN 7A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)