SAXSdb — 1bo4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)

Serratia marcescens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–168 链 B； UniProt 1–168	未记录	SPD SPERMIDINE × 1 COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；SITTING DROP, 4 DEGREES C, 3.5MG/ML PROTEIN + 5MM COA, 100MM TRIS-HCL PH7.8, 0.8% PEG4K, 18% T-BUTANOL, 20MM SRCL2, 7% DIOXANE, 5% 2,4-METHYLPENTANEDIOL, 40MM HEXANEDIOL, 10MM DITHIOTHREITOL, 2MM TRIS(2-CARBOXY- ETHYL)PHOSPHINE-HCL, 10MM SPERMIDINE, 2.5% GLYCEROL, vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BO4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6BVC Crystal structure of AAC(3)-Ia in complex with coenzyme A 提交 2017-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	COA COENZYME A × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.2M NaCl, 25% PEG3350, 0.1M Na Citrate pH5.6, cryo paratone	分辨率 1.81 Å R-free 0.191

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q53396_SERMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bo4
沉积日期 deposition_date	1998-08-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE: SERRATIA MARESCENS AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE
关键词 keywords	;AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE, EUBACTERIAL AMINOGLYCOSIDE RESISTANCE, GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE, COA-BINDING, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.77 Å
零角强度 I(0) i0	17883000.00
分子量 molecular_weight	31597.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39412 Å³
包络体积 envelope_volume	46255 Å³
水化壳体积 shell_volume	19921 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.13 Å
包络 Rg envelope_rg	20.10 Å
形状 Rg shape_rg	19.73 Å
总 Rg total_rg	20.80 Å
总原子数 total_atoms	2222
残基数 n_residues	273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7767
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.223
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3735000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)
分子量 formula_weight	18488.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2475

MLRSSNDVTQQGSRPKTKLGGSSMGIIRTCRLGPDQVKSMRAALDLFGREFGDVATYSQHQPDSDYLGNLLRSKTFIALAAFDQEAVVGALAAYVLPKFEQPRSEIYIYDLAVSGEHRRQGIATALINLLKHEANALGAYVIYVQADYGDDPAVALYTKLGIREEVMH

来源 Source

来源生物 organism	Serratia marcescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SPERMIDINE
分子量 formula_weight	145.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bo4a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

结构域编号 domain_id	d1bo4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1bo4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	1bo4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.540 Å
晶胞边长 b length_b	102.260 Å
晶胞边长 c length_c	50.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/bo/1bo4/1bo4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/1bo4/1bo4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/1bo4/1bo4.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE: SERRATIA MARESCENS AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction