SAXSdb — 1bor

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR PML

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 49–104	片段：RING FINGER DOMAIN, RESIDUES 49 - 104	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；303 K	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BOR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MVW Solution structure of the TRIM19 B-box1 (B1) of human promyelocytic leukemia (PML) 提交 2014-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–168（49 aa）片段：UNP residues 120-168 链 B 120–168（49 aa）片段：UNP residues 120-168	未记录	ZN ZINC ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 0.5 mM PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MWX The RING Domain of human Promyelocytic Leukemia Protein (PML) 提交 2014-12-02	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–104（56 aa）片段：RING Domain, UNP residues 49-104	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1-1, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 0.2 mM TCEP-4, 1 mM zinc chloride-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] _protein1-6, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-7, 100 mM sodium chloride-8, 0.2 mM TCEP-9, 1 mM zinc chloride-10, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4WJN Crystal structure of SUMO1 in complex with phosphorylated PML 提交 2014-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–573（27 aa）片段：PML, unp residues 547-573	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
4WJO Crystal Structure of SUMO1 in complex with PML 提交 2014-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–573（27 aa）片段：PML, unp residues 547-573	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate pH6.5, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride	分辨率 1.46 Å R-free 0.184
5YUF Crystal Structure of PML RING tetramer 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 49–99（51 aa）链 B 49–99（51 aa）链 C 49–99（51 aa）链 D 49–99（51 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium Sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–168（49 aa）片段：UNP residues 12-=168 链 B 120–168（49 aa）片段：UNP residues 12-=168	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K	分辨率 2.06 Å R-free 0.227
6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 120–168（49 aa）片段：UNP residues 12-=168 链 D 120–168（49 aa）片段：UNP residues 12-=168	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K	分辨率 2.06 Å R-free 0.227
6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.64 Å R-free 0.196
6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 547–574（28 aa）	突变：E574Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.64 Å R-free 0.196
6UYP Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.42 Å R-free 0.172
6UYQ Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.50 Å R-free 0.175
6UYR Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.30 Å R-free 0.173
6UYT Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.66 Å R-free 0.200
6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.66 Å R-free 0.186
6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 547–574（28 aa）	突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.66 Å R-free 0.186
6UYV Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）	突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.40 Å R-free 0.179
8DJI Ternary complex of SUMO1 with the SIM of PML and zinc 提交 2022-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 547–574（28 aa）片段：SIM	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM HEPES pH 7.0, 19 to 31 % (w/v) PEG 3350, and 1-5 mM zinc chloride	分辨率 1.97 Å R-free 0.258
8J25 Crystal structure of PML B-box2 mutant 提交 2023-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–236（54 aa）	突变：C213A,A216V	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；22% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 183–236（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.235
8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–236（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.235
8YTC PML-RBCC dimer 提交 2024-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–256（211 aa）链 B 46–256（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PML_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 49–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bor
沉积日期 deposition_date	1995-09-27
结构标题 title	TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC
关键词 keywords	PROTO-ONCOGENE, NUCLEAR BODIES (PODS), LEUKEMIA, TRANSCRIPTION REGULATION; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.73 Å
零角强度 I(0) i0	1024570.00
分子量 molecular_weight	6237.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7584 Å³
包络体积 envelope_volume	7897 Å³
水化壳体积 shell_volume	7033 Å³
包络直径 envelope_diameter	33.3 Å
壳层 Rg shell_rg	15.08 Å
包络 Rg envelope_rg	10.36 Å
形状 Rg shape_rg	9.76 Å
总 Rg total_rg	11.10 Å
总原子数 total_atoms	423
残基数 n_residues	56
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	35.8 Å
Rg (实空间) rg_real	10.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8510e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1025000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7446
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	13.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.303
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	152400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bora_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1borA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	TRANSCRIPTION FACTOR PML
分子量 formula_weight	6113.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	423

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR PML

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/bo/1bor/1bor.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/1bor/1bor.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/1bor/1bor.dat