1bpr

NMR STRUCTURE OF THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 61.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNAK

Escherichia coli

UniProt P0A6Y8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 379–560 片段:SUBSTRATE BINDING DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)50 mM INORGANIC PHOSPHATE;压力 1 NMR样品组成:H2O AND D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNAK_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 10–191; UniProt 379–560

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bpr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bpr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bpr
沉积日期 deposition_date1998-08-11
结构标题 titleNMR STRUCTURE OF THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
关键词 keywordsMOLECULAR CHAPERONE, HSP70, PEPTIDE BINDING, PROTEIN FOLDING; MOLECULAR CHAPERONE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.67
零角强度 I(0) i07369370.00
分子量 molecular_weight18891.0 kDa
排除体积 excluded_volume23363 ų
包络体积 envelope_volume29499 ų
水化壳体积 shell_volume15102 ų
包络直径 envelope_diameter60.4
壳层 Rg shell_rg22.36
包络 Rg envelope_rg17.09
形状 Rg shape_rg16.65
总 Rg total_rg17.74
总原子数 total_atoms2655
残基数 n_residues173
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.4
Rg (实空间) rg_real17.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real7.3690e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1180e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7369000.0000
解质量估计 total_estimate0.7952
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.7
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.354
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1779000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1bpra1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.130 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.130.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
家族 Family familyb.130.1.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), peptide-binding domain
结构域编号 domain_idd1bpra2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bprA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)