1bqq

CRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP--TIMP-2 COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MEMBRANE-TYPE MATRIX METALLOPROTEINASE

Homo sapiens

UniProt P50281

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 114–287 未记录 METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2 × 1 (P16368) CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;pH 5.60 分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP14_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–174; UniProt 114–287

METALLOPROTEINASE INHIBITOR 2

Bos taurus

UniProt P16368

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 27–210 未记录 MEMBRANE-TYPE MATRIX METALLOPROTEINASE × 1 (P50281) CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;pH 5.60 分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIMP2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–184; UniProt 27–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bqq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bqq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bqq
沉积日期 deposition_date1998-08-18
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP--TIMP-2 COMPLEX
关键词 keywords;MATRIX METALLOPROTEINASE, TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASES, PROTEINASE COMPLEX, PRO-GELATINASE A ACTIVATOR, COMPLEX (METALLOPROTEINASE-RECEPTOR), HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.29
零角强度 I(0) i029008000.00
分子量 molecular_weight40477.0 kDa
排除体积 excluded_volume50179 ų
包络体积 envelope_volume59731 ų
水化壳体积 shell_volume23302 ų
包络直径 envelope_diameter78.0
壳层 Rg shell_rg28.11
包络 Rg envelope_rg21.52
形状 Rg shape_rg21.28
总 Rg total_rg22.14
总原子数 total_atoms2839
残基数 n_residues358
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.6
Rg (实空间) rg_real22.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real2.9010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29010000.0000
解质量估计 total_estimate0.8791
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.3
偏度 Skewness skewness0.270
峰度 Kurtosis kurtosis-0.361
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5525000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1bqqm_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1bqqt_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.3 — TIMP-like
家族 Family familyb.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1bqqM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1bqqT01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology370 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id1bqqT02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)