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1brl

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 468.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACTERIAL LUCIFERASE

物种未注明

UniProt P07740

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–355 未记录 BACTERIAL LUCIFERASE × 1 （P07739） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–355 未记录 BACTERIAL LUCIFERASE × 1 （P07739） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BRL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1LUC BACTERIAL LUCIFERASE 提交 1996-05-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å
3FGC Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication 提交 2008-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
3FGC Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication 提交 2008-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–355（355 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.241

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LUXA_VIBHA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 C； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355

BACTERIAL LUCIFERASE

物种未注明

UniProt P07739

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–324 未记录 BACTERIAL LUCIFERASE × 1 （P07740） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–324 未记录 BACTERIAL LUCIFERASE × 1 （P07740） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BRL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BSL STRUCTURE OF ALKANAL MONOOXYGENASE BETA CHAIN 提交 1996-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–324（324 aa） 片段：BETA SUBUNIT
链 B 1–324（324 aa） 片段：BETA SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å
1LUC BACTERIAL LUCIFERASE 提交 1996-05-10 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–324（324 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å
1XKJ BACTERIAL LUCIFERASE BETA2 HOMODIMER 提交 1996-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–324（324 aa）
链 B 1–324（324 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；SITTING DROP, 277 KELVIN, 12% PEG 4000, 17-21% ISOPROPANOL, 0.006M DTT, 0.1M CITRATE PH 6.2. 50 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - sitting drop
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3FGC Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication 提交 2008-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–324（324 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
3FGC Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication 提交 2008-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–324（324 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.241

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LUXB_VIBHA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324 作者链 D； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1brl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1brl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1brl
沉积日期 deposition_date1995-03-20
结构标题 titleTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsMONOOXYGENASE, LUMINESCENCE; LUMINESCENCE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron106.70 Å
零角强度 I(0) i0309682000.00
分子量 molecular_weight147180.0 kDa
排除体积 excluded_volume182360 ų
包络体积 envelope_volume388320 ų
水化壳体积 shell_volume30061 ų
包络直径 envelope_diameter288.5 Å
壳层 Rg shell_rg117.90 Å
包络 Rg envelope_rg94.81 Å
形状 Rg shape_rg106.60 Å
总 Rg total_rg106.80 Å
总原子数 total_atoms10359
残基数 n_residues1318
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax468.8 Å
Rg (实空间) rg_real106.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error14.54 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal87.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal292500000.0000
解质量估计 total_estimate0.5371
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks5
主峰位置 r_peak_primary33.5 Å
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-1.762
角度范围 angular_range— – 0.0700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha8254000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1brla_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family familyc.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)
结构域编号 domain_idd1brlb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family familyc.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)
结构域编号 domain_idd1brlc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family familyc.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)
结构域编号 domain_idd1brld_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family familyc.1.16.1 — Bacterial luciferase (alkanal monooxygenase)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1brlA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Luciferase-like domain
结构域编号 domain_id1brlB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Luciferase-like domain
结构域编号 domain_id1brlC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Luciferase-like domain
结构域编号 domain_id1brlD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Luciferase-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)